第一步：下載Annovar

上Annovar官網下載（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），現在要郵件注冊后才能下載。郵件注冊后會給你最新版軟件下載地址，

下載后文件為annovar.latest.tar.gz。

第二步：安裝Annovar

linux系統下用該命令解壓

tar zxvf annovar.latest.tar.gz

解壓后生成annovar文件夾，里面有6個perl腳本程序和兩個文件夾，其中一個是example文件夾，另一個是已經建立好的hg19或者GRCh37的humandb的數據庫文件夾，可用于人的注釋。

第三步：使用Annovar

人的注釋方法，官網介紹的很詳細，但僅僅有人的數據庫肯定是滿足不了大家的需求。

下面以小鼠mm9為例子，介紹如何自己構建一個mousedb數據庫。

先在annovar文件夾里面創建mousedb文件夾（名字可自取），命令

mkdir mousedb

然后使用annovar文件夾下的perl程序annotate_variation.pl

perl annotate_variation.pl -downdb -buildver mm9 -webfrom annovar refGene mousedb/

這個命令能實現的是幫忙下載mm9的refGene的文件，保存在mousedb文件下，自動解壓后文件名為mm9_refGene.txt。

然后程序會提示使用以下兩個命令繼續建庫

annotate_variation.pl --buildver mm9 --downdb seq mousedb/mm9_seq

retrieve_seq_from_fasta.pl mousedb/mm9_refGene.txt -seqdir mousedb/mm9_seq -format refGene -outfile mousedb/mm9_refGeneMrna.fa

同樣在annovar文件下運行這兩個perl程序

perl annotate_variation.pl --buildver mm9 --downdb seq mousedb/mm9_seq

通過這個命令，會在mousedb下創建文件夾mm9_seq，并且在里面下載mm9的基因組文件chromFa.tar.gz，perl程序幫忙解壓后是按染色體分開的fasta格式文件。

然后繼續運行perl程序

perl retrieve_seq_from_fasta.pl mousedb/mm9_refGene.txt -seqdir mousedb/mm9_seq -format refGene -outfile mousedb/mm9_refGeneMrna.fa

該程序會會在mousedb下創建mm9_refGeneMrna.fa文件，是根據mm9_refGene.txt的信息，重新構建成的老鼠轉錄表達基因fasta格式文件。

這樣老鼠mm9 annovar gene based注釋庫就弄好了

以文本文件test.input為案例進行測試

生成test.input的txt格式文件，根據annovar官網介紹，只要這最基本的五列信息就可以進行注釋，五列分別染色體名稱，染色體上的位置，染色體上的位置，參考基因組堿基，變異堿基。

1? ?? ? 19215217? ?? ???19215217? ?? ???T? ?? ? C
1? ?? ? 33803084? ?? ???33803084? ?? ???A? ?? ? G
1? ?? ? 33803198? ?? ???33803198? ?? ???A? ?? ? G
1? ?? ? 37499237? ?? ???37499237? ?? ???T? ?? ? C
1? ?? ? 37499238? ?? ???37499238? ?? ???T? ?? ? C
1? ?? ? 37500003? ?? ???37500003? ?? ???T? ?? ? C
1? ?? ? 43826936? ?? ???43826936? ?? ???T? ?? ? C
1? ?? ? 58853960? ?? ???58853960? ?? ???A? ?? ? G
1? ?? ? 58854487? ?? ???58854487? ?? ???A? ?? ? G
1? ?? ? 60436865? ?? ???60436865? ?? ???T? ?? ? C

然后使用perl程序進行gene based的注釋

perl annotate_variation.pl -out test -build mm9 test.input mousedb

注釋后會生成test.variant_function，test.exonic_variant_function和test.log文件，前兩個即為所需要的文件。用這個例子輸出test.exonic_variant_function文件輸出為空

文件，因為這些位點沒有在exonic區域的，所以沒有結果。如果有位點在exonic中，則在test.exonic_variant_function中會更具體的描述為同義突變還是非同義突變

intronic? ?? ???Tfap2b??1? ?? ? 19215217? ?? ???19215217? ?? ???T? ?? ? C
UTR3 ? ? ? ? ? ?Bag2? ? 1? ?? ? 33803084? ?? ???33803084? ?? ???A? ?? ? G
UTR3 ? ? ? ? ? ?Bag2? ? 1? ?? ? 33803198? ?? ???33803198? ?? ???A? ?? ? G
UTR3 ? ? ? ? ? Mgat4a??1? ?? ? 37499237? ?? ???37499237? ?? ???T? ?? ? C
UTR3 ? ? ? ? ? Mgat4a??1? ?? ? 37499238? ?? ???37499238? ?? ???T? ?? ? C
UTR3 ? ? ? ? ? Mgat4a??1? ?? ? 37500003? ?? ???37500003? ?? ???T? ?? ? C
intronic? ?? ???Uxs1? ? 1? ?? ? 43826936? ?? ???43826936? ?? ???T? ?? ? C
intronic? ?? ???Casp8? ?1? ?? ? 58853960? ?? ???58853960? ?? ???A? ?? ? G
intronic? ?? ???Casp8? ?1? ?? ? 58854487? ?? ???58854487? ?? ???A? ?? ? G
intronic? ?? ???Cyp20a1 1? ?? ? 60436865? ?? ???60436865? ?? ???T? ?? ? C

?

Annovar 軟件注釋流程介紹
http://www.omicshare.com/forum/thread-1782-1-180.html
(出處: OmicShare Forum)

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Annovar 软件注释流程的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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