1、基因系列中的data索引

2、基因ID之間的轉換

對于生信，依托于別人的工具不如自己動手，由于研究發表的滯后性，往往很多工具提供的轉換并不是最新的，況且開發者水平也參差不齊，理解原理才能讓你來去自如。

今天主要記錄幾個ID轉換的方式：

以果蠅為例

詳細的了解閱讀下面：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README

1、從NCBI下載基因ID信息：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Invertebrates/Drosophila_melanogaster.gene_info.gz

從中可以看到很詳細的各種基因信息

2、從NCBI下載基因與其他ID轉換的信息：

一、轉refseq：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2refseq.gz

二、轉ENSG：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2ensembl.gz#TCGA小工具ENSG轉換由此而來

三、轉uniprot：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz

四、轉unigene：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2unigene

五、基因與GO的對應關系：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz

3、使用ID_Mapping:http://www.uniprot.org/uploadlists/

4、提取lncRNA的看這里：https://www.shengxin.ren/question/23

以上是數據原始信息，可以根據以上信息提取整理，應付各種常見的基因ID轉換基本沒啥問題了

總結

以上是生活随笔為你收集整理的NCBI之gene系列的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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