葉綠體基因組Pi分析（Nucleotide diversity）

今天主要分享繪制這一張圖需要做的工作。

1. 準備正確注釋的gb文件（自己注釋以及NCBI上下載的想比較分析的物種gb文件）
2. 從注釋文件中提取共有基因和共有間區序列
3. 使用DNAsp計算其Pi值（Nucleotide diversity）
4. 按照基因和間區序列在葉綠體基因組上的位置進行排序
5. 可視化

寫在末尾
提取間區序列，一直使用的是PGA里面帶的一個腳本，但是最近感覺腳本不能很好的考慮首尾的基因，看不懂perl語言，因此用Python自己寫了一個。 繪制這樣一張圖還是比較費勁的，結合來看差不多用到了9個腳本。然后再使用R進行可視化，PS修圖。
如果有需要，可以加Q聯系：753392597

總結

以上是生活随笔為你收集整理的叶绿体基因组核酸多态性(Pi)分析的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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