參考這里
mol是二維的，mol2是三維的
sdf是啥？

molblack是啥？

atom0 atoms[0] bonds[0] bonds 的編號都是什么意思，為什么每次運行出來的編號都不一樣

‘GetAtomMapNum’: map id 原子smarts形式冒號后面的數(shù)字，如[N:4], map id 就是4。
原子smarts形式是什么？

rdkit 繪制分子【可視化分子】

AllChem.GenerateDepictionMatching3DStructure()
基于3D構象產生2D取向 AllChem.GenerateDepictionMatching3DStructure()
rdkit 支持2D取向和3D取向對應。 這里以PDB CODE: 1T3R為例。我們獲得其中的ligand并保存為mol文件。 經過測試發(fā)現(xiàn)產生的2D結構會有碰撞，該方法尚不成熟。

RDKit中內置了2種不同的方法產生分子構象。 方法一： 距離幾何法[1] 1. 基于鏈接表和規(guī)則計算分子中原子的距離矩陣； 2. 使用三角平滑算法對距離矩陣進行優(yōu)化； 3. 產生一個隨機距離矩陣； 4. 為每個原子產生一個坐標； 5. 使用粗糙的立場對坐標進行優(yōu)化 通過該方法產生的3D構象通常很丑陋。需要進一步通過力場進行美化。RDKit美化分子構象使用的是UFF力場【2】 方法二：基于CSD的扭轉角偏好方法【18？】 通過該方法產生的構象不需要進一步通過力場進行優(yōu)化。 從2018.09版本開始，RDKit產生3D構象的默認方法是方法二ETKDG。

RDKit 內置了多種分子指紋計算方法，如：

拓撲指紋 Chem.RDKFingerprint(mol)
MACCS 指紋
Atom Pairs
topological torsions
摩根指紋（圓圈指紋）
摩根指紋拓展

摩根指紋->ECFP4 和 摩根指紋->FCFP4的比較

摩根指紋通過定義不同的invariants 可以輸出ECFP、FCFP指紋。

ECFP、FCFP 不同點主要在于如何計算atom invariants.

-. ECFP 的atom invariants 是 連接信息 -. FCFP 的atom invariants 是 fature-based invariants

RDKit中Morgan算法支持的feature 有

ECFP4 和 FCFP4 中的4代表是摩根指紋的直徑為4，半徑為2。 這樣默認半徑為2的摩根指紋就是ECFP4指紋。 半徑為2切考慮feature-based invariants 得到的指紋為FCFP4指紋。

基于指紋計算相似性

相似性計算方法有：

Tanimoto, 默認的方法
Dice,
Cosine,
Sokal,
Russel,
Kulczynski,
McConnaughey, and
Tversky.

可以獲取原子（），獲取健（），獲取三維坐標（如果有的話）

總結

以上是生活随笔為你收集整理的rdkit学习的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。