宏基因组 微生物组 微生物生态领域杂志简介及最新影响因子
- 綜合類
- 自然 Nature
- 自然系統等級簡介
- 科學 Science
- 細胞 Cell
- 美國科學院院報 PNAS
- 自然 Nature
- 微生物組領域
- ISME Journal
- 微生物組 Microbiome
- mBio
- 微生物學前沿 Frontiers in Microbiology
- CNS子刊
- 自然生物技術 Nature Biotechnology
- 自然方法 Nature Methods
- 自然綜述微生物 Nature Reviews Microbiology
- 自然微生物 Nature Microbiology
- 自然通迅 Nature Communication
- 其它自然子刊
- 環境科學
- 水研究 Water Research
- 環境科學與技術 Environmental Science & Technology
- 環境微生物 Environmental Microbiology
- 醫學頂級期刊
- Gut
- 國內雜志推薦
- GigaScience
- Genomics Proteomics & Bioinfomatics
- Protein & Cell
- Journal of Genetics and Genomics
- Science China-Life Sciences
- 小知識:影響因子
- 影響因子的計算
- 提高引響因子的十條建議
- 雜志影響因子列表
- Reference
- 猜你喜歡
- 寫在后面
- 綜合類
一年一度的影響因子又發布了,各種影響因子匯總的文章瞬間刷爆了朋友圈。
作為本領域的專業公眾號,一直想找介紹系統介紹一下本領域的雜志,借此機會,來簡介一下本領域的雜志、影響因子和分區,為同行閱讀文獻的選擇、雜志投稿、畢業升職加薪助力。
2018我要實現自己一個小目標,許愿吧!!!
后臺回復影響因子,獲得2018最新完整版影響因子、中科院分區、精選本領域雜志影響因子等詳細信息。
綜合類
自然 Nature
期刊簡介:IF(2018): 41.577; 中科院一區;周刊;年文章數879篇。
期刊網址:https://www.nature.com/
點評:公認最頂級的綜合期刊,影響因子多年穩定在40左右,一直位于CNS之首,近年來微生物組文章多次成為封面,也是同行神往的雜志。但一年僅800多篇的位置,來自全球所有領域的競爭,發表一篇還是相當困難的。其拒稿率有多高,相信感受過其投稿被拒的同行們應該深有體會。
Nature還是比較喜歡菌群研究論文的,近一年來我們收到最后的解讀投稿就來自本雜志,相關鏈接如下:
- Nature替寵物正名:寶寶身體好,貓狗不可少!
- Nature: 培養組學—高通量細菌分離培養鑒定
- Nature綜述:宏基因組關聯分析
- Nature:根系菌群參與磷脅迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多樣性
- Nature:人類腸道微生物組的腸型
- Nature:如何做一篇腸道菌群免疫的頂級文章-高鹽與高血壓
- Nature:腸道菌群代謝物調節腸道與免疫
- Nature: 擬南芥根微生物組的結構和組成
- Nature: 地球上最古老的熱液噴口發現早期生命跡象
- Nature: 甘露糖苷選擇性抑制致病性大腸桿菌
- Nature: 來自細菌的通告——群體感知效應
- Nature:乙酸鹽通過介導微生物-腦-β細胞軸促進代謝綜合征
而且這些全是純Nature的文章,如果加上其子刊和綜述類,占比可達本公眾號涉及文章的一半以上,可見Nature系統在本領域的統治地位般的影響力。
下段引自genemedical上對CNS的評論,感覺很有意思分享給大家
作為三種相互獨立的期刊,新詞“CNS”已經成為科研工作者,包括學生、技術員、教授口中出現頻率最高的詞匯之一。在這里沒有列出它們的影響因子,因為列出來也毫無意義!諸君估計會問:為什么毫無意義?是因為在乎它們影響因子的人永遠也發不了CNS,而能發CNS的人肯定也不在乎其影響因子了。這三個期刊的威力,可以說是能讓一個民工瞬間晉升為博導的神器。三者之間的對比,無論它們是20分、30分、抑或是40分,都沒有太大區別,其名字本身就是碾壓了SCI影響因子的存在。雖然我等可能終身無望發表,但也無礙于我們對它們進行憧憬,就如同筆者雖然買不起“百達翡麗”,但也可以去專柜欣賞把玩一番。CNS雖然都高大上,但是其風格還是各有側重。從篇幅上來說,Cell篇幅最長,Nature次之,Science最短。其中Cell讀起來最為暢快,故事完整,邏輯清晰,思路縝密,意義重大,而Nature和Science,通常正文只有2-3頁,3-4組圖,其篇幅偏短,字體偏小,晦澀難懂,讓人感覺每一句話都暗藏玄機,讀起來渾身不爽。通常還要打開幾十頁的補充材料,與正文相互比證,短短的幾頁文字閱讀時間通常比十幾頁的Cell還要長。至于CNS的投稿要求,筆者就不展開介紹了,以免美捷登認為我有騙取稿費之嫌。
自然系統等級簡介
首先要知道,自然雜志是一個多達50本雜志的出版集團,自上而下分為五個等級體系,每一級如果被拒稿可依次往下申請轉稿。
https://www.nature.com/srep/
雖然目前自然出版集團雜志種類不多,但占領了各領域的高端用戶,并作憑借其影響力,火力全開吸納中低端用戶,5級金字塔模式——精確滿足不同層次客戶,在科研領域的影響力無人能比。
科學 Science
期刊簡介:IF(2018): 41.058; 中科院一區;周刊;年文章數806篇。
期刊網址:http://www.sciencemag.org/
點評:頂級的綜合期刊,生物領域CNS三巨頭之一,文章正文篇幅短小,題材偏科普,要求受眾廣泛。影響因子逐年上升,看來照顧非專業讀者才更有前景,近年來微生物組文章多次成為封面,也是同行神往的雜志。如上圖左1的封面即為中科院微生物所王軍老師一作的代表性研究。
Science也比較喜歡菌群研究,本平臺導讀過如下相關成果:
- 哈扎人菌群季節變化——3分和30分文章差距在哪里?
- Sciences:用膳食纖維”釣”出15株緩解糖尿病的細菌!
- Science: 腸道微生物可以轉移到肝臟促進先天性免疫疾病發生
- 尸體死亡時間預測——16S+功能預測發Sciences
細胞 Cell
期刊簡介:IF(2018): 31.398; 中科院一區;雙周刊;年文章數701篇。
期刊網址:https://www.cell.com
點評:生物領域頂級期刊,CNS三巨頭之一,文章正文篇幅長,要求機理解析清楚,學術性非常強,插圖摘要(Graphic Abstract)是其雜志的一大特色,影響因子穩定在30左右。
今年三月推出的菌群專刊上(上圖左1),讓無數同行為之瘋狂:
- Cell:22篇微生物文章為微生物組打Call
本平臺導讀過如下相關成果,4篇全是綜述:
- Cell綜述:人與腸道菌群休戚與共的一生
- Cell: 宏基因組學成為病毒分類新方法
- Cell:代謝控制中的腦腸軸
- Cell:人體腸道細菌與自身細胞的比例究竟是多少?
為什么我們沒有推送過Cell文章的Aritle文章?因為文章太長,無論是編輯整理,都不太適合大眾閱讀。在文獻科普導讀領域,有熱心腸己經非常專業了,有更深層次需求的專業人士,自然會仔細閱讀原文。
美國科學院院報 PNAS
期刊簡介:IF(2018): 9.504; 中科院一區;周刊;年文章數約4000篇。
期刊網址:http://www.pnas.org/
點評:其全稱為 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾經是綜合期刊類影響因子世界第三,現己被后起之秀Nature Communication、Science Adavances等新興期刊超越。但其強大的院士編委團隊、總引用量還是可以和CNS比肩的。比較有特點的是院士貢獻機制,每位美國科學院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的機會,即采用審稿人指定兩位同行院士直接審稿的機制。有人認為Contribute有灌水嫌疑,也有人認為此類文章更有價值(用人單位更愿意選擇有多篇Contribute PNAS的作者作為引進人才,正是看中你院士導師對你的認可,和他強大的院士朋友圈,萬一投稿不順還可以求助前老板發動技能來個PNAS保底)。
值得注意的是,綜合雜志上發表的生物學文章,一般真實引用都是高于雜志影響因子的(因為生物圈子足夠大,學科交叉強,需要引文偏多三大原因),都是雜志中拉分的主力。如我們報導過的下面這篇文章,發表不到三年,引用297次,比Nature平均引用還高一倍。
- PNAS:水稻微生物組
微生物組領域
ISME Journal
期刊簡介:Nature子刊,全稱Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生態交叉學科雜志),IF(2018): 9.520; 中科院一區;年文章數346篇。微生物領域老牌頂級雜志,近5年發稿量和影響因子非常穩定。
期刊網址:http://www.nature.com/ismej/index.html
微生物組 Microbiome
期刊簡介:IF(2018): 9.133; 中科院一區;年文章數69篇。
期刊主頁:https://microbiomejournal.biomedcentral.com/
本領域我個人最喜歡專業期刊,名字起的好,發展沒煩惱。當年我們創辦公眾號就想注冊微生物組這個名字,結果被人搶注了。只能退而求其次選擇了宏基因組。
本雜志獲得影響因子僅有3年(微生物組興趣也沒幾年),發文量不多,但在同行中影響很大,我們也導讀過其多篇文章,偏方法多一些,估計將來會穩中有升:
- Microbiome: 室溫存儲樣本方法比較
- Microbiome:微生物組研究中你必須注意的細節
- Microbiome:HiSeq平臺16S擴增子文庫構建方法
- Microbiome:植物根際微生物組也有晝夜節律
- Microbiome: 簡單套路發高分文章–楊樹微生物組
- Microbiome:腸道菌群失衡促進高血壓
- Microbiome:重新定義“衛生”概念
- MiBioGen聯盟倡議:綜合分析人類基因組與菌群關系研究
- Microbiome: 16S rRNA基因拷貝數應該被校正嗎?
mBio
期刊簡介: IF(2018): 6.689; 微生物學(二區)。近五年文章數穩定在480左右,影響因子也穩定于6以上,審稿周期平均1.4個月,由美國微生物學會主辦。
期刊主頁:http://mbio.asm.org/
微生物學前沿 Frontiers in Microbiology
期刊簡介: IF(2018): 4.019; 微生物學 ( 二區 ),年文章數2200篇,影響因子穩定在4以上,審稿周期平均1.8個月。由于其巨大的發行量,我們平時會經常看到它的文章,近年來我國占比猛增,如16年有438篇。
期刊主頁:http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology
CNS子刊
自然生物技術 Nature Biotechnology
期刊簡介:IF(2018): 35.724; 中科院一區;年文章數455篇。
原來一直40以上,今年跳水,但絕對不錯影響它作為生物領域技術一哥的行業地位。
此刊也發表有大量本領域的方法、軟件、測評的文章,一年內我們報導了5篇之多:
- PICRUSt——16S預測宏基因組
- DNA提取也能發Nature?
- NB:實驗vs分析,誰對結果影響大
- Nat. Biotechnol.:高通量測序16S及18S rRNA全長
- Nat. Biotechnol.: 宏表觀組—DNA甲基化輔助宏基因組binning
自然方法 Nature Methods
期刊簡介:IF(2018): 26.919; 生物化學研究方法 ( 一區 );年文章數300篇左右。
方法學神刊,影響因子在30左右波動,生物學軟件方法、評測類文章能發于此,是很多同行的追求(極少數可發NB,但可望而不可及),此雜志要求不僅要軟件好用,更要結合具體科研項目提供新的發現。下有兩篇我們介紹過的文章,分別為軟件評價,和比對較件:
- Nat. Methods: 宏基因組軟件評估—人工重組宏基因組基準數據集
- 不比對快速估計基因豐度Salmon
Salmon是一個能看出平臺重要性的例子。同一個軟件在bioRxiv上兩年多才引34次,發布在Nature Methods上幾個月就引用64次。單位時間差距至少5倍以上,所以好方章有好的宣傳平臺,影響力不言而喻。
自然綜述微生物 Nature Reviews Microbiology
期刊簡介:IF(2018): 31.851; 微生物學 (一區);年文章數150篇。隨著微生物組領域大熱,該雜志近5年影響因子持續走高,今年直接提高5分。可見微生物組領域的大熱勢不可擋。
作為連續走高的30分以上綜述,確實篇篇給力,只要和你的研究相關,確實值得精讀,一篇頂百篇,超級系統的入門材料,系統文獻一網打盡。還不知道如何入行的,快找兩篇和你相關的文章,讀懂讀透,可最高效入行。本平臺報導過如下三篇:
- Nature綜述:微生物構成的氮循環網絡
- Nat Rev Microbiol: 擁抱未知-解析土壤微生物組的復雜性
- Nat Rev Microbiol:呼吸道菌群—呼吸道健康的守門人
自然微生物 Nature Microbiology
期刊簡介:IF(2018): 14.078; 微生物學 (四區,因為之前沒有IF,今年重評肯定回1區);年文章數132篇。隨著微生物組領域大熱,自然雜志雖然已經有ISME統治微生物領域,但也繼續發力創辦了微生物學子刊,該雜志今年首次獲得影響因子即破14,將來稿源會更加充足,水平有望進一步提升,直接填補了本領域從40分(CNS)到9分(Microbiome、ISEM J)中間的空白地帶。會與Cell Host & Microbe競爭專業第一的位置,且稿件研究內容更廣泛。
在已經有Nature Reviews Microbiology的條件下,該雜志仍繼續約大牛發綜述,保證其影響因子處于高位。
- Nature綜述:腸道菌群如何劃分腸型
- Nat. Micro:植物根系分泌物影響菌群結構
- Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌藥物,居然也會抑制人體腸道菌群?
自然通迅 Nature Communication
期刊簡介:IF(2018): 12.353; 中科院一區;年文章數3685篇。
影響因子緩慢持續走高,而其中的生物學文章更是高手中的高手,是雜志保護12+的拉分能手。如:
- NC:16S序列預測培養基配方
- Nat. Commun.:降低微生物群落復雜度突破組裝難題
其它自然子刊
自然子刊的成員非常之多,但定位均高于Nature Communication,雖然有些子刊影響因子低于NC,但也是有被拒后轉稿至NC的機會。
下方再簡介三個我們報導過菌群文章的相關子刊
Nature Medicine:IF(2018): 32.621; 中科院一區;年文章數303篇。
- Nat. Med.:菌群與疾病的關:先有雞還是先有蛋?
Nature Genetics:IF(2018): 27.125; 遺傳學 (一區);年文章數310篇。
- Nat. Genet.:微生物如何適應植物的? 評論 正文
Nature Plant:IF(2018): 11.471; 植物學 (一區)。 曾經的植物學霸主Plant Cell目前只有8.228。
- Nat. Plant: 可持續農業生態系統中的核心微生物組
環境科學
水研究 Water Research
期刊簡介: IF(2015-2016): 7.051; 二區,年文章數651篇,審稿周期平均2.0個月。
期刊主頁:https://www.journals.elsevier.com/water-research/
環境科學與技術 Environmental Science & Technology
期刊簡介: IF(2018): 5.869; 二區,年文章數1,47。
期刊主頁:https://pubs.acs.org/journal/esthag/
環境微生物 Environmental Microbiology
期刊名稱:Environmental Microbiology
期刊簡介:IF(2018): 4.974; 微生物學 (二區),月刊;年文章數500篇。
期刊網址:http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1462-2920
醫學頂級期刊
醫學領域四大神級醫學周刊是我們醫學生的夢想。其按照影響因子出場如下:
- New England Journal of Medicine (NEJM, 79.258, 新英格蘭醫學雜志)
- Lancet (Lancet, 53.254, 柳葉刀)
- Journal of the American Medical Association (JAMA, 47.661, 美國醫學協會雜志)
- British Medical Journal (BMJ, 23.259, 英國醫學雜志)
這四個雜志發表很多微生物的文章,但我的研究方向與醫學沒有半毛錢關系,個人了解不多,離我也非常遙遠,話不多説。
Gut
期刊簡介:IF(2018): 17.016; 微生物學 (二區),月刊;年文章數500篇。近幾年腸道菌群大熱,Gut上也表達了大量菌群研究的工作,每期必須Gut Microbiota欄目,也推動了本雜志影響因子5連漲,從10分達到今年17。
下文是中科院北京生科院趙方慶團隊近期作品,由一作導讀和分享PPT。
- 一作解讀Gut:人體最初的微生物起源與生殖健康
國內雜志推薦
目前國內有很多高水平的雜志了,而且也非常關注微生物組領域的研究,有好成果發表在國內好雜志,不是更好嗎?
GigaScience
期刊簡介:IF(2018): 7.267; 綜合學科 (二區);年文章數50篇左右。大家親切的稱它為華大學報,關注大數據還是有錢途的。
我們報導過其中兩篇,分別為數據分析框架和MWAS分析的工作,如下:
- GigaScience:ASaiM基于Galaxy微生物組分析框架
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子產量與微生物組關聯分析
此外,具我所知,我們宏基因組0號群里的中農周欣教授,新加坡的李陳浩同學都在此雜志上發表過多篇高水平文章,值得關注。
Genomics Proteomics & Bioinfomatics
期刊簡介:IF(2018): 6.615。中科院基因組所主辦的雜志,今年首次獲影響因子即破6,文章偏生信、基因組和蛋白組,非常關注宏基因組。大家親切的稱它為基因組所刊,近期還成立了中國的大數據中心GSA,無論是投稿,還是數據共享,都值得同行關注。
小編在4年前投過此雜志,審稿和后期處理速度很快,從投到接收不到一個月,其工作效率可見其前途。
Protein & Cell
期刊簡介:IF(2018): 6.228。中科院北京生科院所主辦的雜志,饒子和院士任主編,近5年從2.8分穩步增長,今年首次影響因子破6,上個月還組織了微生物組???#xff0c;值得同行關注。
期刊網址:http://www.protein-cell.org/
Journal of Genetics and Genomics
期刊簡介:IF(2018): 4.066。中科院遺傳發育所、中國遺傳學會主辦的雜志,主編薛勇彪,影響因子近5年穩步增長并翻倍,今年首次破4,預計兩年內可實現破5,值得同行關注。
期刊網址:http://www.jgenetgenomics.org/
Science China-Life Sciences
期刊簡介:IF(2018): 3.085。中國科學生命科學,由中科院主辦,李家洋院士任主編,今年影響因子破3,預計影響因子將持續走高。審稿速度快,上圖封面文章從投稿到接受只有7天,可見編輯部的工作效率,將來必有更大發展。
目前已經開始關注本領域的研究,如今年本月的封面文章即為水稻微生物組相關工作,值得同行關注:
- 手把手帶你重現菌群封面文章全部結果圖表
期刊網址:http://life.scichina.com
小知識:影響因子
影響因子的計算
ISI每年出版JCR期刊引用報告 (Journal Citation Reports)評估期刊的影響力。
JCR對12000多種期刊(網絡版) 之間的引用和被引用數據進行統計、運算,并針對每種期刊定義了影響因子 (IF: impact factor)等指數加以報道。
影響因子計算如下:IF = (某刊前2年發表論文在該年的被引用次數) / (該刊前2年發表論文總數)
提高引響因子的十條建議
根據上面的計算公式,我們發現可以通過增大分子(引用次數)、減小分母(論文總數)來快速提高影響因子。
具體的作法有哪些呢?
最后:查詢文章,下載原文,引影因子和趨勢分析,推薦根哥的網站 http://www.geenmedical.com ,還有國人發稿量、國人占比、中國發稿分析等特色項目,更有官網入口、投稿須知、版面費說明和投稿的鏈接。這樣專業的整理實在是太貼心了。
雜志影響因子列表
僅列出了本領域常用的3分以上雜志列表,按影響因子排序。
注:文本版方便復制、檢索。
| NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE | 79.258 |
| LANCET | 53.254 |
| JAMA-JOURNAL OF THE AMERICAN MEDICAL ASSOCIATION | 47.661 |
| NATURE | 41.577 |
| SCIENCE | 41.058 |
| NATURE BIOTECHNOLOGY | 35.724 |
| NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY | 31.851 |
| CELL | 31.398 |
| NATURE METHODS | 26.919 |
| BMJ-British Medical Journal | 23.259 |
| CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS | 20.642 |
| Cell Metabolism | 20.565 |
| Cell Host & Microbe | 17.872 |
| GUT | 17.016 |
| Nature Microbiology | 14.174 |
| FUNGAL DIVERSITY | 14.08 |
| MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS | 13.439 |
| GENOME BIOLOGY | 13.214 |
| Advanced Science | 12.441 |
| Nature Communications | 12.353 |
| TRENDS IN MICROBIOLOGY | 11.776 |
| NUCLEIC ACIDS RESEARCH | 11.561 |
| Science Advances | 11.511 |
| Nature Plants | 11.471 |
| FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS | 11.392 |
| Annual Review of Microbiology | 9.808 |
| ISME Journal | 9.520 |
| National Science Review | 9.408 |
| PLOS BIOLOGY | 9.163 |
| Microbiome | 9.133 |
| Cell Systems | 8.982 |
| Nature Reviews Urology | 8.089 |
| WATER RESEARCH | 7.05 |
| GigaScience | 7.267 |
| CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY | 6.710 |
| mBio | 6.689 |
| GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS | 6.62 |
| Protein & Cell | 6.228 |
| PLoS Pathogens | 6.158 |
| Environmental Science & Technology Letters | 5.87 |
| Current Topics in Microbiology and Immunology | 5.829 |
| mSystems | 5.750 |
| BIOINFORMATICS | 5.481 |
| Global Change Biology Bioenergy | 5.415 |
| CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION | 5.394 |
| ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY | 4.974 |
| CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY | 4.738 |
| Journal of Oral Microbiology | 4.444 |
| CELLULAR MICROBIOLOGY | 4.410 |
| npj Biofilms and Microbiomes | 4.128 |
| Journal of Genetics and Genomics | 4.066 |
| Frontiers in Microbiology | 4.019 |
| SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY | 3.899 |
| MOLECULAR MICROBIOLOGY | 3.816 |
| APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY | 3.633 |
| Frontiers in Cellular and Infection Microbiology | 3.520 |
| FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY | 3.495 |
| INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY | 3.451 |
| APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY | 3.340 |
| INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY | 3.298 |
| MEDICAL MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY | 3.202 |
| Future Microbiology | 3.190 |
| Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials | 3.155 |
| JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY | 3.103 |
| Science China-Life Sciences | 3.09 |
后臺回復影響因子,獲得2018最新完整版影響因子、中科院分區、精選本領域雜志影響因子等詳細信息。
Reference
Web of Science 需機構有權限才可訪問 https://isiknowledge.com
微生物生態領域專業SCI期刊 https://mp.weixin.qq.com/s/gav_-neXagcvEUXcE8pNFg
臨近畢業,微生物生態相關文章可以投稿哪些SCI雜志? https://mp.weixin.qq.com/s/ng5TLxzv4TSbUMF7E94SpA
你該知道的雜志分區和影響因子及2018最新影響因子下載 https://mp.weixin.qq.com/s/BWn7h_fcAfjFRWAMi-nWZg
GeneMedical文獻檢索和投稿選刊:http://www.geenmedical.com
維基百科-影響因子 Editorial policies that affect the impact factor https://en.wikipedia.org/wiki/Impact_factor
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的宏基因组 微生物组 微生物生态领域杂志简介及最新影响因子的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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