參考資料：

phonopy安裝：

第一步：準備文件

1、python-3.6? (https://www.python.org/downloads/source/)

2、numpy-1.11.2? (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)

3、lxml-3.6.4? (http://lxml.de/)

4、matplotlib-1.5.0 ?(https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/)

6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)

第二步：安裝Python-3.6.0b3.tar.xz

?tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz

?cd Python-3.6

?./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build

(在python解壓目錄事先新建build目錄，省略部分根據每個人電腦而定)

?make

?make install

設置環境變量

?vi ?~/.bashrc

在.bashrc文件末尾加入：

?export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/lib

export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH

?source ?~/.bashrc

測試

?命令行輸入python3.6，若成功會出現(避免和系統自帶/usr/bin混淆)

Python 3.6.0b3 (default, Nov? 6 2016, 02:12:05)

[GCC 4.9.3] on linux

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>>

第三步：安裝numpy-1.11.2.tar.gz

?tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz

?cd numpy-1.11.2

?cp site.cfg.example site.cfg

?vi site.cfg：

?修改文件中如下所示部分：

# [mkl]

# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/

# lapack_libs = mkl_lapack

# mkl_libs = mkl, guide

注意：mkl前面的注釋一定要去掉，此外，左端不能留空格。

?修改后的如下(根據實際情況修改)：

[mkl]

library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64

include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include

lapack_libs = mkl_lapack95_lp64

mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5

(最后一行逗號為英文輸入法下面的)

?python3.6 setup.py build --help-fcompiler查看下可用的編譯器，結果發現--fcompiler=intelem可用

?python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem

?python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/pymodule

(pymodule是自己在python解壓目錄下新建的numpy安裝目錄)

?vi ?~/.bashrc添加下面內容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib

/python"

export PYTHONPATH

export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python

?source ?~/.bashrc

讓python知道到哪里去找模塊

?測試python是否能夠調用numpy：

?cd .. (退出numpy的目錄)

這一步一定要做，不然會出錯，ImportError: Error importing numpy.

?輸入：python3.6進入python界面

?import numpy

執行numpy看是否出錯

第四步：安裝lxml-3.6.4.tgz

?tar xzvf lxml-3.6.4.tgz

?cd lxml-3.6.4

?vi ?~/.bashrc添加下面內容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib

/python"

(lxml是自己在python解壓目錄下新建的lxml安裝目錄)

?source ?~/.bashrc

?python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/lxml

第五步：安裝matplotlib-1.5.0.tar.gz

?tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz

?cd matplotlib-1.5.0

?vi ?~/.bashrc添加下面內容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python"

(matplotlib是自己在python解壓目錄下新建的matplotlib安裝目錄)

?source ?~/.bashrc

?python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/ matplotlib

第六步：安裝PyYAML-3.12.tar.gz

?tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz

?cd PyYAML-3.12

?vi ?~/.bashrc添加下面內容：

PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib

/python"

(pyyaml是自己在python解壓目錄下新建的pyyaml安裝目錄)

?source ?~/.bashrc

?python3.6 setup.py test

?python3.6 setup.py install --home=Python3.6解壓目錄/pyyaml

第七步：安裝phonopy-1.11.0.tar.gz

?tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz

?cd phonopy-1.11.0

?python3.6 setup.py install

?把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy拷貝到usr/bin

測試

?在phonopy目錄下命令行輸入phonopy：

結果顯示：

_ __ | |__?? ___? _ __?? ___?? _ __? _?? _

| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |

| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |

| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |

|_|??????????????????????????? |_|??? |___/

1.11.0

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.

___ _ __ _ __ ___? _ __

/ _ \ '__| '__/ _ \| '__|

|? __/ |? | | | (_) | |

\___|_|? |_|? \___/|_|

總結

以上是生活随笔為你收集整理的ovito在linux下安装教程,linux下超详细教程安装phonopy的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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