從功能基因研究的角度來講，相關的搜索，比如從序列數據庫中，找同源的序列，或者對一個對一個新的基因功能進行鑒定，使用hmmer比使用blast有著更高的靈敏度已經更高的搜索速度，但其應用還遠沒有blast普及。

hmmer下載與安裝

對于Mac OS/X, Linux, UNIX系統，用源代碼編譯安裝：

% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz

% tar zxf hmmer-3.0.tar.gz

% cd hmmer-3.0

% ./configure

% make

% make check

windows系統，直接下載二進制壓縮包，解壓就可以使用，下載地址：

hmmer包含的程序

phmmer： 與Blastp類似，使用一個蛋白質序列搜索蛋白質序列庫；

> phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer： 與psiBlast類似，蛋白質序列迭代搜索蛋白質序列庫；

> jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild： 用多重比對序列構建HMM模型；

hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列庫；

hmmscan： 使用序列搜索HMM庫；

hmmalign： 使用HMM為線索，構建多重比對序列；

> hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert： 轉換HMM格式

hmmemit： 從HMM模型中，得到一個模式序列；

hmmfetch： 通過名字或者接受號從HMM庫中取回一個HMM模型；

hmmpress：格式化HMM數據庫，以便于hmmscan搜索使用；

hmmstat： 顯示HMM數據庫的統計信息；

使用HMM模型搜索序列數據庫

使用hmmbuild構建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對序列文件(如：tutorial/globins4.sto)，命令如下：

> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globins4.hmm為輸出的HMM模型

使用hmmsearch搜索蛋白質序列數據庫，蛋白質序列數據庫為FASTA格式，命令如下：

> hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out

globins4.out為輸出的結果文件，如下：

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白質序列搜索HMM數據庫

構建HMM數據庫，HMM數據庫是包含多個HMM模型的文件，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對序列集中構建，如：

> hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

> hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

> hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

> cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam

使用hmmpress格式化數據庫，包括壓縮以及創建索引，命令如下：

> hmmpress minifam

這個步驟可以很快的執行完成，輸出的內容如下：

Working… done.

Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).

Models pressed into binary file: minifam.h3m

SSI index for binary model file: minifam.h3i

Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f

Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p

使用hmmscan搜索HMM數據庫，命令如下：

> hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME

輸出如下：

后記

這里主要是一個入門式的教程，介紹了hmmer的安裝，以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用，以及每個程序的詳細參數說明，請參看官方手冊，

官方文檔手冊(pdf)：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf

使用中，遇到的問題，或者疑難，可以留言討論。內容轉自：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753

總結

以上是生活随笔為你收集整理的pfamscan 的使用_Hmmer安装与使用的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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