全基因組測序

全基因組測序分為從頭測序(de novo sequencing)和重測序(re-sequencing)。

從頭測序(de novo)不需要任何參考基因組信息即可對(duì)某個(gè)物種的基因組進(jìn)行測序，利用生物信息學(xué)分析方法進(jìn)行拼接、組裝，獲得該物種的基因組序列圖譜，從而推進(jìn)該物種的后續(xù)研究。
基因組重測序 是對(duì)有參考基因組物種的不同個(gè)體進(jìn)行的基因組測序，并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。

基因組重測序主要用于輔助研究者發(fā)現(xiàn)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNPs)、拷貝數(shù)變異(CNV)、插入/缺失(Indel)等變異類型，以較低的價(jià)格將單個(gè)參考基因組信息擴(kuò)增為生物群體的遺傳特征。全基因組重測序在人類疾病和動(dòng)植物育種研究中廣泛應(yīng)用。

技術(shù)路線

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生物信息分析

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案例解析

? 1.比較基因組分析

采用progressiveMauve軟件比對(duì)9株大腸桿菌O104:H4分離株的染色體序列，展示可移動(dòng)遺傳元件和基因組可變區(qū)域信息，利用核心SNP位點(diǎn)信息構(gòu)建最大似然進(jìn)化樹揭示菌株間的親緣關(guān)系。

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2.重復(fù)序列分析
采用從頭預(yù)測和基于數(shù)據(jù)庫比對(duì)的兩種方法對(duì)納塔爾大白蟻和濕木白蟻的基因組序列進(jìn)行轉(zhuǎn)座子(TEs)分析，利用RepeatModeler軟件對(duì)兩種方法的結(jié)果進(jìn)行整合分析并構(gòu)建轉(zhuǎn)座子序列數(shù)據(jù)庫，使用RepeatClassifier軟件對(duì)轉(zhuǎn)座子進(jìn)行分類，計(jì)算兩種白蟻基因組中轉(zhuǎn)座子的序列變異速率，揭示基因組擴(kuò)張的可能機(jī)制。

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3.代謝通路重建
根據(jù)限制性脫氯細(xì)菌(PER-K23)基因組注釋信息，預(yù)測類咕啉的生物合成包含4種代謝途徑。

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4.基因進(jìn)化分析
利用117個(gè)單拷貝編碼蛋白的基因序列構(gòu)建Mollicutes、Haloplasma和Firmicutes菌株的最大似然物種進(jìn)化樹，揭示不同菌株基因組中mreB和fib基因的獲得與丟失。

測序策略及數(shù)據(jù)量

? 測序策略：PE125或PE150
建議數(shù)據(jù)量：根據(jù)基因組大小進(jìn)行30×或50×的測序

轉(zhuǎn)載于:https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9815347.html

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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