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编程问答

Linpack的安装与测试(Mpi+Goto+hpl)

發布時間:2023/12/20 编程问答 35 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 Linpack的安装与测试(Mpi+Goto+hpl) 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

暫無優化,可以根據自己電腦情況進行優化。

開頭參照此為博主的:https://blog.51cto.com/sclijq/1060178

中間的一個錯誤參照此位:https://blog.csdn.net/qq_43327857/article/details/85500973

在安裝HPL之前,系統中必須具備以下三個條件: 1)?? 編譯器 系統必須安裝了支持C語言和Fortran 77語言的編譯器。推薦采用在Linux操作系統中自帶的GNU編譯器。

sudo apt-get install gcc ///安裝GCC編譯器(支持C編譯)

sudo apt-get install build-essential(安裝g++)/g++

sudo apt-get install gfortran //mpich 即Fortran 2)?? 并行環境 并行環境是指MPI。在以太網環境下,一般采用MPICH,當然也可以是其它版本的MPI,如LAM-MPI。在Myrinet網下,采用MPICH-GM。若是其它網絡環境就采用相應的MPI。 3)?? BLAS庫 BLAS庫及基本線性代數庫,采用BLAS庫的性能對最終測得的Linpack性能有密切的關系。常用的BLAS庫有GOTO、Atlas、ACML、ESSL、MKL等,我的測試經驗是GOTO庫性能最優。

MPI安裝

下載地址 Index of /static/downloads

MPICH | High-Performance Portable MPI

我準備將其安裝到根目錄下的mpisoft文件夾當中,以便日后方便管理

解壓 tar -zvxf mpich-3.2.tar.gz ~/mpisoft/

進入到解壓后的目錄中:

wangha@wangha:~/mpisoft/mpich-3.2

./configure --prefix=/home/wangha/mpi/mpich-3.2/mpich-install 2>&1 | tee c.txt /home/wangha/mpi/mpich-3.2/自己安裝目錄,也就是進入剛才解壓縮的文件的目錄

或./configure

如果運行通過,系統界面最后一行會出現 “configuration complete!”的語句,接著下面的

make //時間有點長

make install

安裝結束

配置環境變量

添加下面這行到/etc/profile文件的最后然后重新起動系統使環境變量永久生效。sudo vi /etc/profile

?export MPI_ROOT=/opt/mpisoft/mpich4/mpich-install #這一步修改你自己的安裝地址/opt/mpi/mpich4/

export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH

export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH

激活環境變量source /etc/profile

若是普通用戶則修改用戶目錄下的:~/.bash_profile文件

運行以下命令使修改生效:

?source /etc/profile ?(或者source .bashrc) ?

查看位置信息 which mpicc

查看版本號 mpichversion

mpi卸載

卸載源代碼編譯的的軟件:

cd 源代碼目錄

make clean

./configure

(make)

make uninstall

rm -rf 目錄

GotoBLAS2下載

.so .a 庫文件

gotoblas2 - Texas Advanced Computing Center

解壓:一定要在Linux下解壓

我準備將其安裝到根目錄下的mathdepository文件夾當中,以便日后方便管理

wangha@wangha:~/mathdepository$ tar -zvxf GotoBLAS2-1.13.tar.gz

進入解壓好的文件夾中:wangha@wangha:~/mathdepository$ cd GotoBLAS2/

編譯:make CC=gcc BINARY=64 TARGET=NEHALEM

make CC=gcc BINARY=64 TARGET=NEHALEM

TARGET是intel的NEHALEM架構還是AMD的OPTERON

BINARY 是多少位的電腦

出現invalid operands (UND and ABS sections) for `*'錯誤

出現錯誤

collect2: error: ld returned 1 exit status

make[1]: *** [Makefile:101:../libgoto2_nehalemp-r1.13.so] 錯誤 1

make[1]: 離開目錄“/home/wangha/mathdepository/GotoBLAS2/exports”

make: *** [Makefile:49:shared] 錯誤 2

解決辦法:

打開文件

vi f_check

在文件末尾將第298行改為如下

print MAKEFILE "FEXTRALIB=$linker_L -lgfortran -lm -lquadmath -lm $linker_a\n";

重新編譯

make clean

make CC=gcc BINARY=64 TARGET=NEHALEM (根據自己計算機的編譯器和cpu設置)

成功!!!GotoBLAS build complete.

hpl下載

HPL - A Portable Implementation of the High-PerformanceLinpack Benchmark for Distributed-Memory Computers

下載完后同樣先解壓縮

wangha@wangha:~/hplxia$ ls

hpl-2.3 hpl-2.3.tar.gz

從hpl-2.3/setup目錄下拷貝Make.Linux_PII_FBLAS文件到hpl-2.3/目錄下,并將文件更名為Make.test

$cd hpl-2.3

$cp setup/Make.Linux_PII_FBLAS Make.test

修改Make.test的文件 紅的都換

wangha@wangha:~/hplxia/hpl-2.3$ vi Make.test

ARCH = test # Make.<arch>文件的后綴,即<arch> TOPdir = $(HOME)/hpl # HPL所在的路徑 INCdir = $(TOPdir)/include BINdir = $(TOPdir)/bin/$(ARCH) LIBdir = $(TOPdir)/lib/$(ARCH) HPLlib = $(LIBdir)/libhpl.a MPdir = /usr/local/mpich-1.2.6 # MPI所在的路徑 MPinc = -I$(MPdir)/include MPlib = $(MPdir)/lib/libmpich.a LAdir = <libgoto—path> # GOTO所在的路徑 LAinc = LAlib = $(LAdir)/libgoto_opt64p-r0.96.so $(LAdir)/xerbla.o # GOTO庫 F2CDEFS = -DAdd__ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle CC = /use/bin/gcc # C編譯器 CCNOOPT = $(HPL_DEFS) CCFLAGS = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops -W -Wall LINKER = /use/bin/gfortran # Fortran77編譯器 LINKFLAGS = $(CCFLAGS)

以下是我的Make.test gcc跟gfortran如果是默認安裝的話,路徑應該一樣。

SHELL = /bin/sh CD = cd CP = cp LN_S = ln -s MKDIR = mkdir RM = /bin/rm -f TOUCH = touch ARCH = test TOPdir = /home/wangha/hplxia/hpl-2.3 INCdir = $(TOPdir)/include BINdir = $(TOPdir)/bin/$(ARCH) LIBdir = $(TOPdir)/lib/$(ARCH) HPLlib = $(LIBdir)/libhpl.a MPdir = /home/wangha/mpisoft/mpich-3.2 MPinc = -I$(MPdir)/include MPlib = $(MPdir)/mpich-install/lib/libmpich.so LAdir = /home/wangha/mathdepository/GotoBLAS2 LAinc = LAlib = $(LAdir)/libgoto2.so $(LAdir)/libgoto2.a F2CDEFS = -DAdd__ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle HPL_INCLUDES = -I$(INCdir) -I$(INCdir)/$(ARCH) $(LAinc) $(MPinc) HPL_LIBS = $(HPLlib) $(LAlib) $(MPlib) HPL_OPTS = HPL_DEFS = $(F2CDEFS) $(HPL_OPTS) $(HPL_INCLUDES) CC = /usr/bin/gcc CCNOOPT = $(HPL_DEFS) CCFLAGS = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops -W -Wall LINKER = /usr/bin/gfortran LINKFLAGS = $(CCFLAGS) ARCHIVER = ar ARFLAGS = r RANLIB = echo

修改完在當前目錄執行 make arch=test 進行安裝

出現錯誤

/home/wangha/hplxia/hpl-2.3/include/hpl_pmisc.h:54:10: fatal error: mpi.h: 沒有那個文件或目錄

54 | #include "mpi.h"

| ^~~~~~~

compilation terminated.

make[2]: *** [Makefile:79:HPL_dlacpy.o] 錯誤 1

make[2]: 離開目錄“/home/wangha/hplxia/hpl-2.3/src/auxil/test”

make[1]: *** [Make.top:54:build_src] 錯誤 2

make[1]: 離開目錄“/home/wangha/hplxia/hpl-2.3”

make: *** [Makefile:72:build] 錯誤 2

直接在文件中導入mp.h的絕對路徑

make arch=test clean

make arch=test

出現錯誤:

./xhpl: error while loading shared libraries: libmpi.so.12: cannot open shared object file: No such file or directory

修改 將該目錄放進配置文件

(base) root@wangha:/# sudo vi /etc/ld.so.conf

(base) root@wangha:/# sudo ldconfig

有可能報錯

Need at least 4 processes for these tests,此時根據要求指定運行線程數大于4即可?;蛘呤切薷奈募﨟PL.dat,將Ps和Qs的積(Ps*Qs)減小即可。即下面的錯誤

wangha@wangha:~/hplxia/hpl-2.3/bin/test$ mpirun -n 4 ./xhpl

HPL ERROR from process # 0, on line 419 of function HPL_pdinfo:

Need at least 4 processes for these tests

HPL ERROR from process # 0, on line 419 of function HPL_pdinfo:

Need at least 4 processes for these tests

mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing the job to be terminated. The first process to do so was: Process name: [[64874,1],2] Exit code: 1

修改HPL.dat文件

二維處理器網格(P×Q)的要遵循以下幾個要求:P×Q=進程數。這是HPL的硬性規定;P×Q=系統CPU數=進程數。一般來說一個進程對于一個CPU可以得到最佳性能。對于Intel Xeon來說,關閉超線程可以提高HPL性能;P≤Q,這是一個測試經驗值,一般來說,P的值盡量取得小一點,因為列向通信量(通信次數和通信數據量)要遠大于橫向通信.等等這些,需要測試者多摸索。

根據電腦配置進行適當修改:以下是我的

wangha@wangha:~$ cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f2 -d: |uniq -c

8 Intel(R) Core(TM) i7-8550U CPU @ 1.80GHz

wangha@wangha:~$ free -h

總計 已用 空閑 共享 緩沖/緩存 可用

內存: 7.6Gi 2.6Gi 1.7Gi 220Mi 3.4Gi 4.5Gi

交換: 9.5Gi 1.0Mi 9.5Gi

如有冒犯,請聯系我

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Linpack的安装与测试(Mpi+Goto+hpl)的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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