上次寫了在linux環(huán)境下從ncbi下載sra文件，這次因為ncbi的這個網(wǎng)站找不到ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR

造成我在linux環(huán)境下不能使用aspera下載，只好在Windows下，下載了再上傳到linux服務(wù)器。

一、工具下載

1.從ncbi下載sratoolkit工具，打開ncbi，到這個界面根據(jù)系統(tǒng)下載你需要的sratoolkit，我是Windows 64位，于是就是下載倒數(shù)第二個。

2.下載后解壓?

把下載的sratoolkit解壓，解壓到自己需要的盤，我解壓到D盤，文件夾名就是工具名

3.配置系統(tǒng)環(huán)境變量

快捷鍵win+R，輸入sysdm.cpl，打開配置path，點擊環(huán)境變量，再點擊系統(tǒng)變量的path，點擊新建，把你存放sratoolkit的路徑復(fù)制黏貼加上去，最后點擊確定。

?4.運行cmd看sratoolkit是否可以使用

同樣快捷鍵win+R，輸入cmd打開命令行，輸入cd d:，進(jìn)入d盤，再cd 文件名，進(jìn)入存放sratoolkit的目錄

?

接著輸入bin\prefetch.exe -h，可以查看prefetch是否正常運行，我一開始是報錯的，它顯示我要配置，沒有圖片保存就用文字描述，報三行代碼，那我就根據(jù)這個輸入vdb-config --interactive，出現(xiàn)配置界面，但是這個界面我好想沒有改動什么，反正我按了s，再按x就退出了，再運行bin\prefetch.exe -h，顯示幫助信息，就是安裝成功。

This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

二、數(shù)據(jù)下載

1.從ncbi的sra數(shù)據(jù)庫搜索想要的序列號，我是找雙胞胎抑郁癥，搜索出結(jié)果選擇序列號下載

下載后會生成一個SRR_Acc_List.txt文件，里面都是序列號。

2.使用prefetch下載.sra，可以批量下載，也可以單獨下載

單獨下載：

prefetch 序列號

批量下載，輸入，bin\prefetch.exe --option-file 序列號文件的存放路徑

bin\prefetch.exe --option-file C:\Users\10166\Downloads\SRR_Acc_List.txt

得到如下的結(jié)果

待更新中

2020.9.15分割線

我在linux服務(wù)器上面查看我本地的文件是否上傳到服務(wù)器，果然出現(xiàn)一個問題，我的一個SRR1135059.sra沒有上傳成功，用的是filezilla上傳的，SRR1135058.sra就上傳成功了，疑惑中

參考文章：https://www.jianshu.com/p/c2a79a439890

http://www.mamicode.com/info-detail-3043861.html

https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/88738510/

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Windows系统下载SRA数据，使用sratoolkit工具的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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