amt630a芯片中文资料_甲基化芯片学习记录
生活随笔
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amt630a芯片中文资料_甲基化芯片学习记录
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?今天是生信星球陪你的第539天
? ?大神一句話,菜鳥跑半年。我不是大神,但我可以縮短你走彎路的半年~
? ?就像歌兒唱的那樣,如果你不知道該往哪兒走,就留在這學(xué)點(diǎn)生信好不好~
? ?這里有豆豆和花花的學(xué)習(xí)歷程,從新手到進(jìn)階,生信路上有你有我!
第一部分,學(xué)習(xí)甲基化的基礎(chǔ)知識(shí),參考資料:
甲基化的基礎(chǔ)知識(shí)
第二部分,甲基化芯片分析的一般流程,包括了甲基化信號(hào)值的概念,可以做什么分析等,參考資料:
甲基化芯片的一般分析流程
第三部分 Bioconductor的代碼流程
主要是使用了R包minfi做質(zhì)控和標(biāo)準(zhǔn)化。
中文導(dǎo)讀:Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程
原文網(wǎng)址:http://www.bioconductor.org/help/workflows/methylationArrayAnalysis/
最后曾老板給的標(biāo)準(zhǔn)流程,包括數(shù)據(jù)下載、質(zhì)控及差異分析、富集分析,香!
數(shù)據(jù)下載:甲基化芯片數(shù)據(jù)下載如何讀入到R里面
質(zhì)控:甲基化芯片數(shù)據(jù)的一些質(zhì)控指標(biāo)
一個(gè)甲基化芯片信號(hào)值矩陣差異分析的標(biāo)準(zhǔn)代碼
學(xué)完這些對(duì)甲基化芯片有了一定的了解,還需要多看些文獻(xiàn),加油!
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生信零基礎(chǔ)入門學(xué)習(xí)小組長期報(bào)名中
GEO數(shù)據(jù)挖掘廣州專場(chǎng)課程
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一起來學(xué)單細(xì)胞
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如果需要提問,請(qǐng)務(wù)必先看生信星球答疑公告
總結(jié)
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