其實(shí)BioPerl的功能很強(qiáng)大。但是用的人卻不多。最根本的原因可能是，太多數(shù)人都還是新手，相對(duì)而言Perl很難懂，不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安裝也很復(fù)雜。又不像Perl一樣打包成一個(gè)安裝包，一鍵安裝。

到現(xiàn)在，我前前后后安裝過(guò)BioPerl好幾次，每次都覺(jué)得很復(fù)雜，很難懂。我又不是計(jì)算機(jī)專業(yè)出身的，真的是連最基本的計(jì)算機(jī)算法或原理都是不懂的。我學(xué)BioPerl的確感到吃力。所以，接觸了BioPerl這么久，都只是用BioPerl從NCBI上拿序列。其它的功能還沒(méi)真正接觸。

下面先來(lái)介紹一下怎樣在Unix/linux下的安裝BioPerl。復(fù)雜的方法我就不講了，只講我理解得來(lái)的。

1，用CPAN安裝

>perl -MCPAN -e shell

cpan>d /bioperl/

CPAN: Storable loaded ok

Going to read /home/bosborne/.cpan/Metadata

Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT

Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz

Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz

Distribution S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz

選擇一個(gè)安裝

cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz

或是用force強(qiáng)制安裝。這樣不會(huì)報(bào)錯(cuò)。推薦。

cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz

接下來(lái)就是會(huì)出現(xiàn)一些選擇。基本上我都是選Y[yes]，或A[all]。搞不錯(cuò)啥意思~最后安裝好了測(cè)試一下。如運(yùn)行perl Bio::Perl命令。有顯示內(nèi)容就是成功了。

2，用Build.PL來(lái)安裝(此方法可能在windows下也有效。具體沒(méi)測(cè)試過(guò))

下載BioPerl，目前的最新版本是BioPerl-1.6.0

下載Build.PL，右鍵另存為。

接下來(lái)就是解壓BioPerl，然后運(yùn)行Build.PL安裝。

>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz

>cd BioPerl-1.6.0

>perl Build.PL

在Windows下安裝BioPerl

用GUI圖形界面安裝

1，用GUI圖形界面安裝。這個(gè)需要較新版本的

2，安裝后好運(yùn)行”開(kāi)始/所有程序/ActivePer/Perl Package Manager “。或是C:\Perl\bin\ppm.bat啟動(dòng)GUI圖形界面

3，打開(kāi)后，選擇Edit >> Preferences。添加下面的站點(diǎn)。

4，選擇View >> All Packages

5，在搜索框輸入bioperl

6，選擇最新版本，右鍵安裝(一般需要安裝的有4個(gè)：bioperl;bioperl-db;bioperl-network;bioperl-run)。其它的應(yīng)該沒(méi)必要安裝。

7，最后測(cè)試

創(chuàng)作挑戰(zhàn)賽新人創(chuàng)作獎(jiǎng)勵(lì)來(lái)咯，堅(jiān)持創(chuàng)作打卡瓜分現(xiàn)金大獎(jiǎng)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的linux非权限安装bioperl,BioPerl安装指南:Unix/Linux/Windows下的安装的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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