?今天是生信星球陪你的第435天

? ?大神一句話，菜鳥跑半年。我不是大神，但我可以縮短你走彎路的半年~

? ?就像歌兒唱的那樣，如果你不知道該往哪兒走，就留在這學點生信好不好~

? ?這里有豆豆和花花的學習歷程，從新手到進階，生信路上有你有我！

豆豆寫于19.8.23
最近經常遇到在Rstudio中安裝Python出錯的問題，比如Seurat、Monocle都需要用到Python的模塊，搜索并探索了一下：https://cran.r-project.org/web/packages/reticulate/vignettes/python_packages.html
這里寫了不需要管理員權限的方法
基于管理員權限的可以看一下：單細胞Seurat包升級之2,700 PBMCs分析(下)https://www.jianshu.com/p/b46b6b6d344f 其中有介紹

前言

分析單細胞數據經常會用到一些降維聚類的優秀算法，比如UMAP、louvain，而它們都是利用python寫的，我們需要下載Python程序到Rstudio中運行，其實R已經給我們提供了一些幫助，這里就來一起探索一下，應該怎么安裝一個Python包

安裝reticulate

這個來自CRAN的R包是首要因素，所有的python包都要通過這個進行下載安裝，相當于一個R-Python接口 ，有了它，就能用py_install()安裝python程序

install.packages('reticulate')
library(reticulate)

先介紹Rstudio server、Mac Rstudio的操作

根據系統不同而分為兩種不同的操作：對linux、mac是使用virtualenv；而Windows使用Anaconda

不同系統對應不同配置方法

既然官方這么描述，我們也就這么跟著走

Linux/Mac的虛擬環境使用

step1 拿到包，加載上，我們干的第一件事可能就是直接安裝

reticulate::py_install("louvain")
#?發生了報錯
#?Error:?Prerequisites?for?installing?Python?packages?not?available.

#?Please?install?the?following?Python?packages?before?proceeding:?virtualenv

step2 說我們缺少一個部件：virtualenv，缺啥補啥，這個怎么安裝？我也不知道，反之先運行一遍這個代碼，看看提示再說：

virtualenv_create("r-reticulate")
#?Creating?virtual?environment?'r-reticulate'?...
#?Using?python:?/usr/bin/python2.7
#?Error:?tools?for?managing?Python?virtual?environments?are?not?installed.
#?
#?Install?virtualenv?with:
#???$?/usr/bin/python2.7?-m?pip?install?--upgrade?--user?virtualenv

step3 雖然有意料之中的報錯，但是最后一句是重點，告訴了我們怎么安裝`virtualenv`：

/usr/bin/python2.7?-m?pip?install?--upgrade?--user?virtualenv

step4 再次運行`virtualenv_create`

virtualenv_create("r-reticulate")
#?Creating?virtual?environment?'r-reticulate'?...
#?Using?python:?/usr/bin/python2.7
#?No?LICENSE.txt?/?LICENSE?found?in?source
#?New?python?executable?in?/home/jmzeng/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python2.7
#?Also?creating?executable?in?/home/jmzeng/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python
#?Installing?setuptools,?pip,?wheel...
#?done.

step5 安裝想要的包

virtualenv_install("r-reticulate",?"louvain")

step6 重要一步—重啟

然后檢查一下：看到這里的python各種路徑改成virtualenv的就可以了

py_config()

自己可以嘗試一下安裝UMAP：py_install(packages ='umap-learn')

最后是Windows的操作

Windows需要使用conda安裝

下載、安裝、激活conda就不多說，一切默認、yes即可

然后配置也是類似上面virtualenv

#?首先創建一個環境
library(reticulate)
conda_create("r-reticulate")
#?然后安裝
conda_install(envname?=?"r-reticulate",?packages="louvain")
#?配置個人python的路徑(視個人情況修改)
use_python("~/miniconda3/envs/r-reticulate/lib/python3.7/site-packages/")
#?RETICULATE_PYTHON="~/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python3"

重點依舊是重啟！重啟！否則Rstudio不會這么智能判斷新安裝的Python位置

重啟之后：py_config()檢查，只要不是系統原來默認的Python路徑，就可以了

同樣的，安裝一下umap-learn試試，最后能library(umap) 或者用其他函數能調用了就說明搞定

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初學生信，很榮幸帶你邁出第一步。

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創作挑戰賽新人創作獎勵來咯，堅持創作打卡瓜分現金大獎

總結

以上是生活随笔為你收集整理的linux 安装python_Linux/Mac/Windows的Rstudio安装Python模块总报错，怎么破？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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