如何理解mirbase數據庫，相信很多沒有經驗的人對此束手無策，為此本文總結了問題出現的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

miRbase 是由曼徹斯特大學的研究人員開發的一個在線的miRNA數據庫，該數據庫中收錄了來自200多個物種，接近4萬個miRNA的信息，是最全面的miRNA數據庫，網址如下

http://www.mirbase.org/index.shtml

我們可以方便的檢索和瀏覽該數據庫中的信息，以human為例， 在Browse菜單中，可以檢索到hman的所有miRNA前體，示意如下

ID代表miRNA前體的名字, Accesion代表miRNA 前體的編號;RPM為Reads perl million mapped的縮寫，代表miRNA前體的表達量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前體所在的染色體位置信息，Confidence`表示可信度。

以hsa-let-7a-1為例, 點擊該鏈接可以查看詳細信息，在詳情頁面，可以得到這個miRNA前體對應的基因，序列，莖環結構等信息

還可以看到這個miRNA前體產生的的兩條成熟的miRNA序列和對應的靶標數據庫，示意如下

miRNA靶標注釋可以分成以下兩大類

1. validated targets

實驗驗證的靶標結果，對應的數據庫如下

• MIRTARBASE

• TARBASE

2. predicted targets

軟件預測的結果, 對應的數據庫如下

• DIANA-MICROT

• MICRORNA.ORG

• MIRDB

• RNA22-HSA

• TARGETMINER

該數據庫是免費下載的，ftp地址如下

ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

mirbase數據庫還可以為新發現的miRNA指定名稱，首選在線提交你的novel micoRNA 的序列，格式如下

然后會以郵件的形式，給你的新的miRNA 進行命名, 格式遵循miRNA命名的統一規范。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的如何理解mirbase数据库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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