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如何理解IMGT和HLA数据库

發布時間:2023/12/15 综合教程 45 生活家
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 如何理解IMGT和HLA数据库 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

這期內容當中小編將會給大家帶來有關如何理解IMGT和HLA數據庫,文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述,閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

IMGT/HLA 數據庫收錄了HLA不同Allel 的序列信息,網址如下

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/

最近更新日期為2018年7月11號,版本為3.33.0, 數據庫中收錄的信息如下

1. 數據概覽

數據庫中主要收錄了HLA I 型和II 型基因的Allel信息,此外,還包含了一些非HLA基因的Allel

2. HLA I 型

對于HLA-I 型基因,包含了經典的HLA-A, HLA-B, HLA-C 等基因,此外,還有部分假基因

3. HLA II 型

HLA II 型基因主要包含了DR, DQ, DP, DO, DM系列基因

4. 其他基因

包含了HFE, MICA, MICB, TAP1, TAP2這幾個基因

對于不同的Allel, 除了WHO委員會指定的標準命名外,還提供了一個HLA編號,示意圖如下

在如下鏈接中,可以查看每個allel的詳細情況

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/docs/version_r3330.html

帶下劃線的都是超鏈接,可以點擊查看詳細情況。以A*01:01:01:14為例,詳細信息如下

該數據庫還提供了FTP服務,用于下載不同Allel的基因或者蛋白序列,鏈接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipd/imgt/hla/

在FTP中,提供了fasta, msf, pir等多種格式,通常下載fasta就可以了,同時提供了dna, rna, protein 3個不同水平的序列

總結

以上是生活随笔為你收集整理的如何理解IMGT和HLA数据库的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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