本篇內容主要講解“R語言中怎么用network.r繪制網絡圖”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“R語言中怎么用network.r繪制網絡圖”吧!

network.r繪制網絡圖，邊權重信息決定網絡中邊的粗細，節點的度決定節點大小，根據節點類別填充節點顏色；提取網絡的最大子圖，輸出構成最大子圖的節點并繪制子圖網絡。

使用方法:

Rscriptnetwork.r-h
usage:network.r[-h]-efilepath-vfilepath-ffrom-tto-wweight-ggroup
[--isolated][-lstyle][--label.node][--sub_label.node]
[-opath][-nprefix][-Hnumber][-Wnumber]

networkplot:https://www.億速云.com/article/1531

optionalarguments:
-h,--helpshowthishelpmessageandexit
-efilepath,--edgefilepath
inputtheedgeinformationofnetwork,[required]
-vfilepath,--vertexfilepath
inputthevertexinformationofnetwork,[required]
-ffrom,--fromfromthenameofthestartgenecolumn[required]
-tto,--totothenameoftheendgenecolumn[required]
-wweight,--combined_scoreweight
thenameoftheedgeweightcolumn[required]
-ggroup,--groupgroup
inputgroupidinvertexfile,cansetmulti
groups[required]
--isolateddeleteisolatedvertex[optional,default:False]
-lstyle,--layoutstyle
setNetworkdisplaystyle,c('star','circle','gem',
'dh','graphopt','grid','mds','randomly','fr',
'kk','drl','lgl'),[defaultfr]
--label.nodeshownodename[optional,default:TRUE]
--sub_label.nodeshownodenameofsub-network[optional,default:
TRUE]
-opath,--outdirpath
outputfiledirectory[defaultcwd]
-nprefix,--nameprefix
outfilenameprefix[defaultdemo]
-Hnumber,--heightnumber
theheightofpicinches[default12]
-Wnumber,--widthnumber
thewidthofpicinches[default12]

參數說明：

-e 網絡圖的邊信息文件路徑，文件中包含邊的起始節點，結尾節點，以及邊的權重信息

from	to	combined_score	fromGeneName	toGeneName
9606.ENSP00000011653	9606.ENSP00000046794	959	CD4	LCP2
9606.ENSP00000061240	9606.ENSP00000204604	952	TLL1	CHRD
9606.ENSP00000172229	9606.ENSP00000228945	945	NGFR	ARHGDIB

-v 網絡中節點信息文件路徑，文件中包含節點（節點名與邊信息文件中起始節點名，結尾節點名相對應）和節點類別信息

gene	regulate
CD4	Up
TLL1	Up
ARHGDIB	Up

-f 邊信息文件中起始節點列名

-t 邊信息文件中結尾節點列名

-w 邊信息文件中邊權重列名

-g 節點信息文件中節點類別列名

-i 網絡圖中是否隱藏孤立節點，默認不隱藏

-L 是否標注完整網絡的節點名，默認標注

-S 是否標注最大子圖中節點名，默認標注

總結

以上是生活随笔為你收集整理的R语言中怎么用network.r绘制网络图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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