文章目錄

• • 論文地址
  • STRING數據庫
  • PPI網絡構建
  • • 輸入差異基因list
    • PPI圖
    • 保存結果
  • cytoscape軟件篩選hub基因、功能模塊
  • • 輸入“string_interactions”文件
    • 用cytohHubba插件，篩選top10 Hub基因
    • 生存分析
    • 用MCODE插件，篩選功能模塊

論文地址

STRING數據庫

PPI網絡構建

輸入差異基因list

進入網頁，左側選擇“Multiple proteins”,輸入所有差異基因list，“Organsim”選擇“Homo sapiens”,然后“SERACH”

繼續

PPI圖

保存結果

cytoscape軟件篩選hub基因、功能模塊

在此之前，需要先下載cytohHubba插件以及MCODE插件

輸入“string_interactions”文件

用cytohHubba插件，篩選top10 Hub基因

下面這張圖主要就是根據Degree值給基因排序

下面的圖片就是篩選出來的10個hub基因，保存結果，后續進行生存分析

生存分析

最終發現VEGFA基因與生存顯著相關

用MCODE插件，篩選功能模塊

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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