Lachesis是希臘神話眾神之一，負責決定生命之線的長度。但是咱們這個lachesis是2013年發表在nature biotechnology上（https://doi.org/10.1038/nbt.2727 ）由shendurelab開發的用于輔組基因組組裝的軟件。

github地址：

https://github.com/shendurelab/LACHESIS

http://shendurelab.github.io/LACHESIS/

軟件下載：軟件提供zip和tar.gz兩種格式，任選其一即可。

#這個是zip文件 wget https://github.com/shendurelab/LACHESIS/zipball/master unzip master#這個是tar.gz文件 wget https://github.com/shendurelab/LACHESIS/tarball/master tar -zxvf master

Lachesis有兩個依賴：samtools（低于0.1.19的版本）和C++的boost庫（需要大于1.52.0但是又不能太高比如1.67.0就不行）

所以安裝軟件真的是體力活。。

安裝boost

在這個地址https://www.boost.org/users/history/找一個老一點的版本（比如我用的boost_1_53_0，但是不能低于1.52.0，否則也會報錯。）解壓好之后

tar -zxvf boost_1_53_0.tar.gz ./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc ./b2 toolset=gcc sudo ./b2 install # 或者sudo ./b2 install --prefix=/usr sudo ./bjam install

這個過程可能會比較長，中間可能會有幾個warning，不用擔心，不影響的。

tips: 如果沒有權限的話后兩步都需要用--prefix=參數指定到自己的目錄下的boost的位置進行安裝。

安裝samtools

在sourceforge（https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/）下載低于0.1.19的samtools版本。需要先安裝一個依賴再運行Makefile：

sudo apt-get install libncurses5-dev ./Makefile

安裝lachesis

添加兩個環境變量：

export LACHESIS_BOOST_DIR=/path/to/boost_1_53_0/ export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/path/to/samtools-0.1.18/

正式開始安裝。

cd lachesis ./configure --with-samtools=/path/to/samtools-0.1.18 --with-boost=/path/to/boost_1_53_0/

這一步如果沒報錯的話就可以開始make的，但是在make之前需要把修改shendurelab-LACHESIS-2e27abb/src/include/gtools下面SAMStepper.h和SAMStepper.cc這兩個文件的#include <bam/sam.h>這一行給改成"/path/to/samtools-0.1.18/sam.h" 不進行這一步的話是會報錯的

接下來運行make。我碰到了一個錯：找不到libboost_system.so.1.53.0 解決辦法見下圖

img

據小伙伴說前面用./b2 install --prefix=/usr就不需要這一步。各位朋友可以自己試試。

至此如果出現下圖就說明軟件安裝成功了

缺少test_case.ini

只要配置好test_case.ini文件就能正常使用了。

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接下來做個報錯集錦。包含這個軟件安裝過程中可能會出現的各種報錯：

報錯集錦

1、configure: error: cannot run /bin/sh ./config.sub

報錯1

報configure: error: cannot run /bin/sh ./config.sub根據lachesis的一篇issue（https://github.com/shendurelab/LACHESIS/issues/31）運行

autoreconf --install

就可以解決。

2、samtools報錯

samtools報錯

不管是輸./configure --with-samtools=/home/hanschen/miniconda3/bin/

還是./configure --with-samtools=/home/hanschen/miniconda3/bin/samtools

還是./configure --with-samtools=no

或者./configure --without-samtools

都是報錯，雖然報的錯不太一樣。

這個是因為samtools的版本過高引起的。安裝0.1.19級以下版本的samtools就好了。在安裝samtools的時候可能會有一個報錯，需要安裝上訴的一個庫sudo apt-get install libncurses5-dev

3、boost庫報錯

報錯3

這個錯誤是由于boost版本過高或者過低引起的（1.63.0會報錯，經小伙伴測試1.51.0也會報錯），按照上述教程安裝boost的1.52.0或者1.53.0版本就可以解決

4、boost的cannot find flags錯誤

這個報錯的截圖找不到了，大致的問題是boost庫沒完全安裝好，只要按照上述教程運行./bjam install就可以避免這個錯誤。

5、lachesis在make時報"unrecognized command line option “-std=c++11"的錯

報錯5

感謝來自小伙伴的報錯反饋。在網上查詢后根據https://blog.csdn.net/liu1055087125/article/details/72888154得知該錯誤是由于g++ gcc版本不夠高導致的。需要安裝高版本的gcc g++庫。

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致謝

歡迎其他嘗試安裝這個軟件的小伙伴們給我們反饋別的錯誤~

特別感謝@胡加祥 同學的大力支持。安裝這個軟件花了兩天碰了各種壁，希望以后的小伙伴不要再重蹈我們的覆轍，這樣我們的各種嘗試和努力也就有了意義。感謝菲沙，感謝生信技能樹，感謝jimmy師兄，感謝有你們。

2018年8月10日 update：感謝@南農梨中心劉月園 小姐姐的報錯反饋~

總結

以上是生活随笔為你收集整理的HiC软件安装篇之Lachesis的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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