r语言把多个图合并在一张图_SAS 绘制亚组分析森林图
背景介紹
隨著循證醫(yī)學(xué)(evidence-based medicine)的興起，森林圖(forest plot)已經(jīng)為人所廣泛認(rèn)識(shí)。當(dāng)前，幾乎所有的臨床工作者都知道什么是森林圖以及如何解讀森林圖的含義。
Richard Peto曾以玩笑的口吻提及森林圖命名的來(lái)歷是因?yàn)橛幸晃蝗橄侔┭芯空呓凶鯬at Forrest，所以森林圖亦被稱(chēng)為Forrest plot。但事實(shí)上，森林圖命名的真正來(lái)源還是因其能夠在一張圖片中同時(shí)展示多個(gè)或多組數(shù)據(jù)的宏觀(guān)情況(the wood and the trees)，避免“一葉障目”、“只見(jiàn)樹(shù)木，不見(jiàn)森林”。
最初森林圖的雛形可追溯到1978年，Freiman JA等人在當(dāng)時(shí)的醫(yī)學(xué)頂級(jí)期刊《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》上發(fā)表了一篇研究論文，該論文調(diào)查了71項(xiàng)陰性研究的結(jié)果，并將其在一張圖片上利用水平柱狀圖來(lái)展示這些研究的置信區(qū)間(confidence interval)以及其對(duì)應(yīng)的點(diǎn)估計(jì)值，可被視為森林圖的雛形，但當(dāng)時(shí)并未對(duì)這些納入研究進(jìn)行數(shù)據(jù)合并。
森林圖的應(yīng)用場(chǎng)景很廣泛，除了最初的發(fā)表時(shí)用于展示調(diào)查結(jié)果數(shù)據(jù)外，幾乎所有的Meta分析都以這種方式呈現(xiàn)單個(gè)研究的數(shù)據(jù)和合并后的結(jié)果。著名的Cochrane協(xié)作組織的標(biāo)志中即含有森林圖的元素。Cochrane標(biāo)志中紫色的部分即為森林圖，該森林圖來(lái)源于一個(gè)真實(shí)的Meta分析，共納入了7個(gè)隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)(Randomized Controlled Trial, RCT)，比較對(duì)于過(guò)早分娩的女性給予皮質(zhì)類(lèi)固醇(corticosteroid)和安慰劑(placebo)的治療結(jié)果，結(jié)果顯示皮質(zhì)類(lèi)固醇對(duì)于減少早產(chǎn)兒死亡率非常有效。
除了Meta分析外，越來(lái)越多的臨床研究開(kāi)始在亞組分析(Subgroup analysis)的部分引入森林圖，以此來(lái)呈現(xiàn)亞組分析的結(jié)果(不同人群之間，如年齡，性別，疾病分期等亞組)。
也有的研究在敏感性分析(Sensitivity analysis)的部分以森林圖的形式呈現(xiàn)敏感性分析的結(jié)果(對(duì)缺失數(shù)據(jù)進(jìn)行不同的填補(bǔ)方式，如末次結(jié)轉(zhuǎn)，多重填補(bǔ)等)。還有的研究在展示趨勢(shì)變化時(shí)也會(huì)采用森林圖的形式呈現(xiàn)。
SAS實(shí)現(xiàn)
SAS實(shí)現(xiàn)森林圖的方式目前稍微有些復(fù)雜，主要原因在于：
需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行手動(dòng)錄入處理；
尚無(wú)過(guò)程步能夠“快速”繪制森林圖(怎么定義快速？
三行代碼吧)
由于 SAS 9.4M3 以前的版本的 styleattrs 語(yǔ)句因?yàn)闆](méi)有 axisextent 選項(xiàng)，yaxistable 語(yǔ)句沒(méi)有 indentweight 和 pad 選項(xiàng)，所以 9.4M3 之前的版本無(wú)法對(duì)文本進(jìn)行縮進(jìn)。但即使無(wú)縮進(jìn)，也并非不可接受。細(xì)節(jié)中有魔鬼，對(duì)文本縮進(jìn)固然顯得更加清楚，但森林圖的重點(diǎn)還是在于圖，而不是文字。如果是9.4M3之前的版本，把縮進(jìn)相關(guān)選項(xiàng)刪除即可，可以先大概了解一下SAS森林圖的作圖風(fēng)格。
方法1
利用proc sgplot逐一調(diào)整橫縱坐標(biāo)，繪制參考線(xiàn)，繪制置信區(qū)間和點(diǎn)估計(jì)，填充色塊，添加文字和箭頭等。
方法2
通過(guò)proc iml調(diào)用R語(yǔ)言中的forestplot包。但是仍然需要先手動(dòng)錄入數(shù)據(jù)，建議采用proc SQL錄入數(shù)據(jù)，這樣可以在錄入數(shù)據(jù)的同時(shí)對(duì)變量進(jìn)行縮進(jìn)。而且利用proc SQL在指定變量長(zhǎng)度的時(shí)候也更為靈活。再次強(qiáng)調(diào)R語(yǔ)言對(duì)于大小寫(xiě)敏感，所以務(wù)必注意在調(diào)用R語(yǔ)言時(shí)，R代碼中的變量名稱(chēng)需要與SAS中的變量名稱(chēng)“完全一致”。
上圖可以繼續(xù)通過(guò)在R的代碼中增加選項(xiàng)(如底部文字說(shuō)明，色塊突出等)進(jìn)一步潤(rùn)色可視化的細(xì)節(jié)，具體的方法可以通過(guò)help(forestplot)了解或者其他R語(yǔ)言的資料。
參考文獻(xiàn)：
1.JA Freiman, et al. The importance of beta, the type II error and sample size in the design and interpretation of the randomized control trial-survey of 71 negative trials.
2.S Lewis. Forest plots: trying to see the wood and the trees.
3.JR O’Leary, et al. How to create a journal quality forest plot with SAS 9.4.
4.谷鴻秋《SAS編程演義》
5.谷鴻秋《那就再講講三行R代碼搞定的森林圖吧》
作者簡(jiǎn)介
秦宗實(shí)，香港大學(xué)李嘉誠(chéng)醫(yī)學(xué)院中藥學(xué)專(zhuān)業(yè)在讀博士，研究方向?yàn)樘烊凰幬锱c神經(jīng)疾病的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究。曾參與“十二五”國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃“中醫(yī)藥現(xiàn)代化研究”重點(diǎn)專(zhuān)項(xiàng)等臨床研究，參與研究方案及統(tǒng)計(jì)分析計(jì)劃制定。在J Urol、Am J Med、Mayo Clinic Proc、Brain Behav Immun等期刊發(fā)表論文20多篇。
谷子歌總結(jié)
森林圖，其實(shí)細(xì)究起來(lái)，大致有三種：
meta分析森林圖、回歸分析森林圖以及亞組分析森林圖
SAS 繪制森林圖，最核心的其實(shí)就是highlow 語(yǔ)句 (繪制 95% CI )和 yaxistable 語(yǔ)句(繪制文字)
繪制回歸分析和亞組分析森林圖的數(shù)據(jù)，還是建議直接在前面的過(guò)程中抓取，不要用dataline輸入。至于meta分析森林圖，還是用 R 吧
非常感謝秦同學(xué)投稿，原文代碼較多，就不貼出來(lái)了。但估計(jì)還是有些同學(xué)想要具體代碼，那就點(diǎn)原文鏈接，可方便地獲取Sanjay Matange 博客中的代碼
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的r语言把多个图合并在一张图_SAS 绘制亚组分析森林图的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。
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