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ChIP-Atlas收集整理了SRA數(shù)據(jù)庫中的大量chip_seq數(shù)據(jù)，并基于這些原始數(shù)據(jù)進行了后續(xù)分析，將分析結(jié)果整理成在線服務(wù)并發(fā)布，方便檢索與查詢，網(wǎng)址如下

https://chip-atlas.org/

構(gòu)建的流程如下

下載SRA原始數(shù)據(jù)，采用sratoolkit轉(zhuǎn)換成fastq, 然后用bowtie2比對參考基因組，用macs2進行peak calling。官網(wǎng)提供了以下幾個功能

1. Peak Browser

瀏覽不同物種，不同細胞類型，不同抗體的peak結(jié)果，檢索框示意如下

可以下載BED格式的結(jié)果。

2. Target genes

定義TSS上下游的區(qū)間作為靶基因的篩選范圍，如果peak與某個基因的TSS兩側(cè)范圍存在交集，則認為該基因是候選的靶基因之一。搜索框如下所示

檢索結(jié)果如下

3. Colocalization

有些轉(zhuǎn)錄因子在行使功能時是通過蛋白復(fù)合體的形式來發(fā)揮作用，比如Pou5f1，Nanog, Sox2這三個轉(zhuǎn)錄因子，它們對應(yīng)的peak區(qū)間在基因上的位置是非常的鄰近的，Colocalization分析就是比較多個轉(zhuǎn)錄因子的chip數(shù)據(jù)，來識別潛在的蛋白復(fù)合體，檢索框如下

檢索結(jié)果如下

4. Enrichment Analysis

和靶基因分析正好相反，靶基因是輸入轉(zhuǎn)錄因子的名稱，查詢預(yù)測的靶基因，而這部分內(nèi)容是輸入基因名稱或者基因組區(qū)域，查詢可以結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。檢索框如下所示

結(jié)果示意如下

通過ChIP-Atlas網(wǎng)站，可以方便的查詢已有的chip_seq數(shù)據(jù)結(jié)果。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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