往期文章

希望了解更多的道友點這里
0. 分享【腦機接口 + 人工智能】的學習之路
1.1 . 腦電EEG代碼開源分享 【1.前置準備-靜息態(tài)篇】
1.2 . 腦電EEG代碼開源分享 【1.前置準備-任務(wù)態(tài)篇】
2.1 . 腦電EEG代碼開源分享 【2.預(yù)處理-靜息態(tài)篇】
2.2 . 腦電EEG代碼開源分享 【2.預(yù)處理-任務(wù)態(tài)篇】
3.1 . 腦電EEG代碼開源分享 【3.可視化分析-靜息態(tài)篇】
3.2 . 腦電EEG代碼開源分享 【3.可視化分析-任務(wù)態(tài)篇】
4.1 . 腦電EEG代碼開源分享 【4.特征提取-時域篇】
4.2 . 腦電EEG代碼開源分享 【4.特征提取-頻域篇】
4.3 . 腦電EEG代碼開源分享 【4.特征提取-時頻域篇】
4.4 . 腦電EEG代碼開源分享 【4.特征提取-空域篇】
5 . 腦電EEG代碼開源分享 【5.特征選擇】
6.1 . 腦電EEG代碼開源分享 【6.分類模型-機器學習篇】
6.2 . 腦電EEG代碼開源分享 【6.分類模型-深度學習篇】
匯總. 專欄：腦電EEG代碼開源分享【文檔+代碼+經(jīng)驗】

0 . 【深度學習】常用網(wǎng)絡(luò)總結(jié)

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腦電EEG代碼開源分享 【1.前置準備-靜息態(tài)篇】

• 往期文章
• 一、前言
• 二、前置準備 框架介紹
• 三、代碼格式說明
• 三、腦電處理 代碼
• • 3.0 參數(shù)設(shè)置
  • 3.1 數(shù)據(jù)導入
  • 3.2 前置準備-主函數(shù)
  • 3.3 前置準備-功能函數(shù)
  • 3.4 前置準備-結(jié)果保存
• 四、前置準備 整體代碼
• 總結(jié)
• To：新想法、鬼點子的道友：

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一、前言

本文檔旨在歸納BCI-EEG-matlab的數(shù)據(jù)處理代碼，作為EEG數(shù)據(jù)處理的總結(jié)，方便快速搭建處理框架的Baseline，實現(xiàn)自動化、模塊插拔化、快速化。本文非鎖時任務(wù)（無鎖時刺激，如靜息態(tài)、運動想象）為例，分享腦電EEG的分析處理方法。
腦電數(shù)據(jù)分析系列。分為以下6個模塊：

1. 前置準備
2. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
3. 數(shù)據(jù)可視化
4. 特征提取（特征候選集）
5. 特征選擇（量化特征擇優(yōu)）
6. 分類模型

本文內(nèi)容：【1.前置準備】

提示：以下為各功能代碼詳細介紹，若節(jié)約閱讀時間，請下滑至文末的整合代碼

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二、前置準備 框架介紹

前置準備
前置準備的主要功能，分為以下4部分：

1. 降采樣
2. 數(shù)據(jù)分段
3. 去暫態(tài)
4. 選擇導聯(lián)

前期準備的代碼框圖、流程如下所示：

注：前置準備 理論上可以歸類到 預(yù)處理階段，本代碼將兩者分開基于以下考慮：

前置準備是數(shù)據(jù)處理的準備階段，對腦電數(shù)據(jù)無損處理，不對原始數(shù)據(jù)進行變換、映射

為提升中間數(shù)據(jù)的可讀性、可分析性，將原本9步驟的預(yù)處理，分為 4步【前置準備】 + 5步【預(yù)處理】

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三、代碼格式說明

本文非鎖時任務(wù)態(tài)（下文以靜息態(tài)代替）范例為：ADHD患者、正常人群在靜息狀態(tài)下的腦模式分類

• 分段代碼名稱：代碼命名為Standard_cut_rest
• 輸入格式：靜息態(tài)為Data的結(jié)構(gòu)體，內(nèi)部為data命名的原始數(shù)據(jù)(通道*總采樣點數(shù))。
• 參數(shù)設(shè)置：**采樣率\單試次時長\試次標簽\試次位置\頻域去除暫態(tài)時長\降采樣（防止數(shù)據(jù)過大導致運行和內(nèi)存消耗）
• 處理形式：**EEG數(shù)據(jù)匯總為cell（試次被試數(shù)），每個cell內(nèi)為（通道數(shù)采樣點數(shù)）。按照不同分類的類別放入不同cell，cell自身名稱如下保存格式名稱。例如任務(wù)態(tài)數(shù)據(jù)為{100，1}[16*512]，其意為16通道數(shù)據(jù)采集，100試次，單試次為512點數(shù)據(jù)點。
• **保存格式：**單獨保存?zhèn)€人的名稱為Standard_input_target_xx(被試序號)，總保存文件名稱為Standard_input_target\ nontarget _xx代表被試個數(shù)。

三、腦電處理 代碼

提示：代碼環(huán)境為 matlab 2018

3.0 參數(shù)設(shè)置

原采樣率 fs_raw=500Hz，降低到 fs_down = 250Hz
一次進行10人次的批處理，subject_num = [1;10]
每段數(shù)據(jù)分段長度為2秒，epoch_length = 2
處理全部導聯(lián)編號為1-128的電極，perocess_channel = [1 ; 128];

%% 0.!!!需手動調(diào)整參數(shù) data_path = 'C:\Users\Amax\Desktop\basetest_flod\raw_data_flod\'; svae_path = 'C:\Users\Amax\Desktop\basetest_flod\save_fold\'; file_name_target = 'ADHD'; file_name_nontarget = 'Normal'; stuct_name = 'Data';raw_temp_data = load ([data_path ,file_name_target,'1']); raw_temp_data = raw_temp_data.Data.data; fs_raw = 500; fs_down = 250; %降采樣后采樣率 subject_num = [1;10]; temp_abandon = 20; %去掉的暫態(tài)，以秒為單位 epoch_length = 2; perocess_channel = [1 ; 128];

經(jīng)驗建議：

• 采樣率降到300Hz以下，目前主流研究認為，靜息態(tài)腦電有效頻率<100Hz，根據(jù)腦奎斯特定理，采樣率到200Hz以上即可。采樣率是最影響計算時間的參數(shù)之一，尤其影響后期的非線性計算，繪圖、特征分析等。
• 建議每批處理人數(shù)<10人，如有大量被試應(yīng)分為多組。一是由于多被試處理時間長，中間運算和調(diào)試周期較長；二是多被試計算結(jié)果存儲量大，MATLAB對于2GB以上的數(shù)據(jù)存儲較慢，并且下一階段讀取也緩慢。
• 去暫態(tài)20s，temp_abandon = 20，是由于一般腦電設(shè)備開機后需要穩(wěn)定波形，這個數(shù)值要根據(jù)設(shè)備、現(xiàn)場環(huán)境修改。

3.1 數(shù)據(jù)導入

導入原始數(shù)據(jù)，并輸出顯示基本數(shù)據(jù)信息：

%% 1.Standard_input % 0.1 rest_data 輸入數(shù)據(jù)格式為：通道數(shù)*采樣點數(shù) standard_time = floor(size(raw_temp_data,2)/fs_raw- temp_abandon); remain_raw_time = standard_time - temp_abandon; remain_trial = floor(remain_raw_time/epoch_length); remain_confrim_time = remain_trial * epoch_length;disp(['數(shù)據(jù)總時長: ' , num2str(standard_time) , '||暫態(tài)時長: ' , num2str(temp_abandon), '||修正剩余時長: ' , num2str(remain_confrim_time)]); disp(['采樣率: ' , num2str(fs_raw), '||每段時長: ' , num2str(epoch_length), '||試次數(shù)量: ' , num2str(remain_trial)]);

3.2 前置準備-主函數(shù)

主要功能依靠調(diào)用 Standard_cut_rest 函數(shù)實現(xiàn)：

%% 1.切分數(shù)據(jù) disp(['數(shù)據(jù)分段中...']); Standard_input_target = []; Standard_input_nontarget = [];Standard_input_target.fs = fs_down; Standard_input_nontarget.fs = fs_down;Standard_input_target.subject_num = subject_num; Standard_input_nontarget.subject_num = subject_num;[Standard_input_target.data,Standard_input_nontarget.data] = Standard_cut_rest(data_path,stuct_name,file_name_target,file_name_nontarget,fs_raw,fs_down,subject_num,remain_trial,epoch_length,temp_abandon,perocess_channel); Standard_input_target.file = file_name_target; Standard_input_nontarget.file = file_name_nontarget; disp(['||已完成標準分段||']);

3.3 前置準備-功能函數(shù)

主功能函數(shù) Standard_cut_rest ：

function[Standard_input_target,Standard_input_nontarget] = Standard_cut_rest(data_path,stuct_name,file_name_target,file_name_nontarget,fs_raw,fs_down,subject_num,remain_trial,epoch_length,temp_abandon,perocess_channel) %% 0.參數(shù)說明 % data_path 數(shù)據(jù)路徑 % file_name_target 目標數(shù)據(jù)統(tǒng)一名 % file_name_nontarget 非目標數(shù)據(jù)統(tǒng)一名 % fs_raw 原始數(shù)據(jù)采樣率 % subject_num 被試起止編號 % remain_trial 剩余試次數(shù) % epoch_length 單試次時長 % temp_abandon 暫態(tài)去除時長 % perocess_channel 有效數(shù)據(jù)通道的首末 Standard_input_target = cell(remain_trial,subject_num(2,1)-subject_num(1,1)+1); Standard_input_nontarget = cell(remain_trial,subject_num(2,1)-subject_num(1,1)+1);%% 1.切分數(shù)據(jù) print_count=0; sub_count = 1; for sub_loop = subject_num(1,1):subject_num(2,1) raw_data_target = load ([data_path ,file_name_target , num2str(sub_loop)]); raw_data_target = raw_data_target.(stuct_name).data; raw_data_target = downsample(raw_data_target',fs_raw/fs_down)';raw_data_nontarget = load ([data_path ,file_name_nontarget , num2str(sub_loop)]); raw_data_nontarget = raw_data_nontarget.(stuct_name).data; raw_data_nontarget = downsample(raw_data_nontarget',fs_raw/fs_down)';temp_abandon_point = temp_abandon * fs_down; for trial_loop = 1:remain_trialcut_temp = [];cut_temp = raw_data_target(perocess_channel(1,1):perocess_channel(2,1), temp_abandon_point+ (trial_loop-1)*fs_down*epoch_length+1 : temp_abandon_point + trial_loop*fs_down*epoch_length);Standard_input_target{trial_loop,sub_count} = cut_temp;cut_temp = [];cut_temp = raw_data_nontarget(:, temp_abandon_point+ (trial_loop-1)*fs_down*epoch_length+1 : temp_abandon_point + trial_loop*fs_down*epoch_length);Standard_input_nontarget{trial_loop,sub_count} = cut_temp; end % disp(['輸入標準化分段: ' , num2str(sub_loop/subject_num)]);fprintf(repmat('\b',1,print_count)); print_count=fprintf('計算標準化分段進度 : %f',sub_count/(subject_num(2,1) - subject_num(1,1)+1)); sub_count = sub_count+1; end fprintf('\n'); end

3.4 前置準備-結(jié)果保存

最終，結(jié)果保存：

%% 2.保存標準輸入文件 disp(['標準分段保存中...']); save([ svae_path , 'Standard_input_target_',num2str(subject_num(1,1)),'_',num2str(subject_num(2,1))],'Standard_input_target'); save([ svae_path , 'Standard_input_nontarget_',num2str(subject_num(1,1)),'_',num2str(subject_num(2,1))],'Standard_input_nontarget'); disp(['||已完成標準分段保存||']); t_Standard_input_cost = toc; disp(['標準輸入格式調(diào)整完畢，耗時： ',num2str(t_Standard_input_cost)]);

四、前置準備 整體代碼

靜息態(tài)信號整體代碼：

disp(['||0.靜息態(tài)類數(shù)據(jù)處理-標準輸入格式||']); %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %% 0.!!!需手動調(diào)整參數(shù) data_path = 'C:\Users\Amax\Desktop\basetest_flod\raw_data_flod\'; svae_path = 'C:\Users\Amax\Desktop\basetest_flod\save_fold\'; file_name_target = 'ADHD'; file_name_nontarget = 'Normal'; stuct_name = 'Data';raw_temp_data = load ([data_path ,file_name_target,'1']); raw_temp_data = raw_temp_data.Data.data; fs_raw = 500; fs_down = 250; %降采樣后采樣率 subject_num = [1;10]; temp_abandon = 20; %去掉的暫態(tài)，以秒為單位 epoch_length = 2; perocess_channel = [1 ; 128]; %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% tic; %% 1.Standard_input % 0.1 rest_data 輸入數(shù)據(jù)格式為：通道數(shù)*采樣點數(shù) standard_time = floor(size(raw_temp_data,2)/fs_raw- temp_abandon); remain_raw_time = standard_time - temp_abandon; remain_trial = floor(remain_raw_time/epoch_length); remain_confrim_time = remain_trial * epoch_length;disp(['數(shù)據(jù)總時長: ' , num2str(standard_time) , '||暫態(tài)時長: ' , num2str(temp_abandon), '||修正剩余時長: ' , num2str(remain_confrim_time)]); disp(['采樣率: ' , num2str(fs_raw), '||每段時長: ' , num2str(epoch_length), '||試次數(shù)量: ' , num2str(remain_trial)]);%% 1.切分數(shù)據(jù) disp(['數(shù)據(jù)分段中...']); Standard_input_target = []; Standard_input_nontarget = [];Standard_input_target.fs = fs_down; Standard_input_nontarget.fs = fs_down;Standard_input_target.subject_num = subject_num; Standard_input_nontarget.subject_num = subject_num;[Standard_input_target.data,Standard_input_nontarget.data] = Standard_cut_rest(data_path,stuct_name,file_name_target,file_name_nontarget,fs_raw,fs_down,subject_num,remain_trial,epoch_length,temp_abandon,perocess_channel); Standard_input_target.file = file_name_target; Standard_input_nontarget.file = file_name_nontarget; disp(['||已完成標準分段||']);%% 2.保存標準輸入文件 disp(['標準分段保存中...']); save([ svae_path , 'Standard_input_target_',num2str(subject_num(1,1)),'_',num2str(subject_num(2,1))],'Standard_input_target'); save([ svae_path , 'Standard_input_nontarget_',num2str(subject_num(1,1)),'_',num2str(subject_num(2,1))],'Standard_input_nontarget'); disp(['||已完成標準分段保存||']); t_Standard_input_cost = toc; disp(['標準輸入格式調(diào)整完畢，耗時： ',num2str(t_Standard_input_cost)]);

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總結(jié)

前置準備是數(shù)據(jù)處理的敲門磚，本文僅進行了基礎(chǔ)的處理。
本文中靜息態(tài)的前置準備，通過主功能函數(shù) Standard_cut_rest 實現(xiàn)
靜息態(tài)數(shù)據(jù)無時間錨點（triger，marker）,數(shù)據(jù)分段較為簡單，一般分為等間距的數(shù)據(jù)段即可

當然

實際應(yīng)用時會面臨很多潛在的工程問題，例如儀器數(shù)據(jù)格式、軟件運行內(nèi)存、硬件運行時間等等…
代碼工程嘛，就是面對現(xiàn)實…
掛一漏萬，如有筆誤請大家指正~

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感謝您耐心的觀看，本系列更新了約30000字，約3000行開源代碼，體量相當于一篇碩士工作。

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堅定初心，本博客永遠：
免費拿走，全部開源，全部無償分享~

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To：新想法、鬼點子的道友：

自己：腦機接口+人工智領(lǐng)域，主攻大腦模式解碼、身份認證、仿腦模型…
在讀博士第3年，在最后1年，希望將代碼、文檔、經(jīng)驗、掉坑的經(jīng)歷分享給大家~
做的不好請大佬們多批評、多指導~ 虛心向大伙請教！
想一起做些事情 or 奇奇怪怪點子 or 單純批評我的，請至Rongkaizhang_bci@163.com

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的脑电EEG代码开源分享 【1.前置准备-静息态篇】的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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