現(xiàn)在有2臺機(jī)器，希望可以嘗試一下在多臺機(jī)器上跑MPI的感覺，所以跑之前就得配置，先參考網(wǎng)址:

https://www.cnblogs.com/awy-blog/p/3402949.html:

1. 配置自動ssh登錄

這里主要是要各個機(jī)器之間能無密碼訪問，主要用到的就是SSH，因此需要一些設(shè)置。

首先，我們需要導(dǎo)出各個節(jié)點的公鑰和私鑰：

$ ssh-keygen -t rsa 

在運(yùn)行過程中，會提示你輸入這個輸入那個，不用管那么多，直接回車就完了。等運(yùn)行結(jié)束后，進(jìn)入.ssh目錄，你會看到公鑰和私鑰文件；

$ cd ~/.ssh 
$ ls  
id_rsa   id_rsa.pub  

其中id_rsa就是私鑰，id_rsa.pub就是公鑰，現(xiàn)在我們需要把各個節(jié)點上的公鑰都集中發(fā)送到一個節(jié)點上，來制作授權(quán)文件（authorized_keys）.

注意：在兩臺機(jī)器必須安裝ssh（sudo apt-get install ssh openssh-server）而且必須設(shè)置root密碼(sudo passwd root),才能遠(yuǎn)程登錄

$ scp ~/.ssh/id_rsa.pub node1:~/.ssh/1.pub

在將 node2 的公鑰文件拷貝到 node1 后，在node1-ubuntu進(jìn)行如下處理，制作好文件 authorized_keys ：

$ cp ~/.ssh/id_rsa.pub authorized_keys  
$ cat ~/.ssh/1.pub >> authorized_keys  

在node1 上制作好的authorized_keys拷貝到node2上：(node1使用scp)

$ scp ~/.ssh/authorized_keys node2:~/.ssh/

要想讓這兩臺機(jī)器無密碼登錄，所以我們需要更改一下必要的文件的權(quán)限（所有節(jié)點都要更改）：其實只要保證authorized_keys的文件權(quán)限為600或者644

$ chmod 755 ~  
$ chmod 755 ~/.ssh  
$ chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys  
$ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa  
$ chmod 644 ~/.ssh/id_rsa.pub  

至此，SSH配置就完成了。下面檢驗一下：

在一個主機(jī)上面SSH另一個主機(jī) ( 不需要賬號和密碼 ) ：

$ ssh node1

現(xiàn)在2臺機(jī)器已經(jīng)可以自由的SSH登陸了！

2. MPI運(yùn)行環(huán)境配置

執(zhí)行了configure命令之后，

./configure --prefix=/home/<USERNAME>/openmpi  2>&1 | tee install1.log  

提示:

Open MPI configuration:
-----------------------
Version: 3.0.1
Build MPI C bindings: yes
Build MPI C++ bindings (deprecated): no
Build MPI Fortran bindings: no
MPI Build Java bindings (experimental): no
Build Open SHMEM support: yes
Debug build: no
Platform file: (none)

Miscellaneous
-----------------------
CUDA support: no

Transports
-----------------------
Cray uGNI (Gemini/Aries): no
Intel Omnipath (PSM2): no
Intel SCIF: no
Intel TrueScale (PSM): no
Mellanox MXM: no
Open UCX: no
OpenFabrics Libfabric: no
OpenFabrics Verbs: no
Portals4: no
Shared memory/copy in+copy out: yes
Shared memory/Linux CMA: yes
Shared memory/Linux KNEM: no
Shared memory/XPMEM: no
TCP: yes

Resource Managers
-----------------------
Cray Alps: no
Grid Engine: no
LSF: no
Moab: no
Slurm: yes
ssh/rsh: yes
Torque: no

這里可以看到我們支持的通信協(xié)議和資源管理器支持只ssh

編譯和安裝的命令:

make all 2>&1 | tee make.log  
make install 2>&1 | tee install2.log  

出來一堆亂七八糟的，沒眼看，然后找到安裝目錄下的 bin， 里面有很多編譯器和可執(zhí)行程序:

使用 mpicc 編譯出可執(zhí)行程序， 再使用 mpirun 去運(yùn)行，就可以看到對應(yīng)的輸出。

正常運(yùn)行后，這步驟就完成了！

3. 并行運(yùn)行:

用vim編輯一個文件命名為hosts:如果你想在一個節(jié)點上運(yùn)行多個進(jìn)程，那么hostfile 可以使用 "slots" 屬性。如果沒有指定"slots"，那么將假設(shè)其數(shù)目為1.

node1
node2

或者

node1-ubuntu    slots=4
node2-ubuntu    slots=2

讓兩個節(jié)點并行運(yùn)行例子程序，如下所示：

$ mpiexec -hostfile hosts -np 8 ./Test

如果運(yùn)行正常，就會在運(yùn)行該命令的機(jī)器上有一些顯示，如果host列表中的機(jī)器的 相同路徑下 沒有這個文件的話，會報錯:

$  ~/OpenMpi/bin/mpiexec -hostfile hosts -np 2  ~/TestA
--------------------------------------------------------------------------
mpiexec was unable to launch the specified application as it could not access
or execute an executable:

Executable: /home/xxxxx/TestA
Node: localhost

while attempting to start process rank 0.
--------------------------------------------------------------------------

就是：

1.多臺主機(jī)下 相同路徑 下的 可執(zhí)行程序命名相同

2. 開啟進(jìn)程數(shù)不要太多，以免超出上限，可參考 OpenMPI運(yùn)行問題：enough slots available in the system

接下來，我發(fā)現(xiàn)，2臺機(jī)器上的每個進(jìn)程，但是 printf 輸出的信息都只在一臺機(jī)器上，這是為什么呢？——按照每臺機(jī)器分別運(yùn)行一個進(jìn)程的話，應(yīng)該打印在自身的控制臺上才對呀？

后來通過測試，發(fā)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)輸出確實是只打印在運(yùn)行命令的那臺機(jī)器的控制臺上。

而且只要可執(zhí)行程序名稱相同就可以，源代碼是可以不一樣的。(當(dāng)然，最好還是一樣啦，我這里弄成不一樣是為了測試確實在2臺機(jī)器上跑了)

機(jī)器一執(zhí)行程序A： 輸出固定數(shù)字 11

機(jī)器二執(zhí)行程序B(生成源代碼僅僅只有一個 printf 語句是不同的)： 輸出固定數(shù)字 22

給機(jī)器一劃分一個進(jìn)程，機(jī)器二也是一個進(jìn)程，果然每次會輸出11，22 或者 22,11 ——說明確實在2臺機(jī)器上分別跑了。

也就是說，我們這個 MPI 集群其實已經(jīng)搭建好了，接下來更深入的機(jī)理我后續(xù)會盡力去理清楚。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的OpenMPI 集群配置的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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