1.sam，bam的格式轉換：

$samtools view -sb file.sam >file.bam
$samtools view -sb file.sam -o file.bam
#sam文件轉換為bam,-s 輸入文件為sam -b 輸出文件為bam

$samtools view file.bam>file.sam
$samtools view -h file.bam -o file.sam
#bam文件轉換為sam文件

2.對bam文件進行排序

$samtools sort -n -o file.sort file.bam

#以reads的名字排序，輸入file.bam 輸出file.sort

3.對bam文件進行簡單的統計

$samtools flagstat file.bam
#得到比對的統計結果，包括比對率等等。。

　

4.篩選特定的區域

#篩選不需要的flag值
$samtools  view  –F  4   file.bam   –o  file.filter.sam

#限定比對質量值最小值
$samtools  view  –q  20 file.bam   –o  file.quality.sam

#得到指定位置的sam文件
$samtools    view   file.sort.bam Chr1:1-5000  –o file.position.sam

5.對多個read重復mapping 到基因組上同一個區域時，只保留匹配度最高的

$samtools  rmdup  file.bam  file.rmdup.bam

　　

6.合并某個樣本的多個重復實驗的bam文件

前提：bam文件已排序

#! /bin/bash
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件
samtools merge -h test.sam 
test_L1_L2.bam 
test_L1.sorted.bam 
test_L2.sroted.bam
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件中的指定區域chr7
samtools merge -h test.sam 
-R chr7
test_L1_L2.bam 
test_L1.sorted.bam 
test_L2.sroted.bam

　　

拒絕低效率勤奮，保持高效思考

總結

以上是生活随笔為你收集整理的samtools的基本用法的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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