今天瀏覽R包，發(fā)現(xiàn)一個(gè)不錯(cuò)的包——DescrTab2包。

看R包介紹，這個(gè)包可以繪制出版物質(zhì)量級(jí)別的描述統(tǒng)計(jì)表。

看起來(lái)很不錯(cuò)。

下面來(lái)學(xué)習(xí)下。

1. R包安裝和加載

install.packages("DescrTab2")?#?安裝包
library(DescrTab2)?#?加載包

2. 加載演示數(shù)據(jù)集

library(magrittr)?#?加載R包
dat?"Species",?"Sepal.Length")]
#?選擇iris數(shù)據(jù)集的"Species",?"Sepal.Length"變量另建一個(gè)dat數(shù)據(jù)集
dat?%<>%?mutate(animal=?c("Mammal",?"Fish")?%>%?rep(75)?%>%?factor())
#?在dat數(shù)據(jù)集中新建一個(gè)分組變量animal，水平為"Mammal", "Fish"。
dat?%<>%?mutate(food=?c("fries",?"wedges")?%>%?sample(150,?TRUE)?%>%?factor())
#?在dat數(shù)據(jù)集中新建一個(gè)分組變量food，水平為"fries", "wedges"。

dat

在數(shù)據(jù)集中，有150行數(shù)據(jù)，4個(gè)變量，其中Species、animal、food這三個(gè)變量為分組變量，Sepal.Length變量為連續(xù)變量。

3. 創(chuàng)建描述統(tǒng)計(jì)表

在DescrTab2包，使用descr()函數(shù)來(lái)創(chuàng)建統(tǒng)計(jì)描述表。

直接將數(shù)據(jù)集放在函數(shù)中即可創(chuàng)建簡(jiǎn)單的統(tǒng)計(jì)描述表。

descr(dat)

如上圖所示，就簡(jiǎn)單的創(chuàng)建了一個(gè)描述統(tǒng)計(jì)表。

上面結(jié)果總共輸出了4列數(shù)據(jù)。

第一列為變量，包括連續(xù)變量和分類變量。連續(xù)變量的結(jié)果有例數(shù)、均數(shù)、標(biāo)準(zhǔn)差、中位數(shù)、四分位間距、極差等；分類變量則顯示每個(gè)分類水平。

第二列變量顯示第一列各數(shù)據(jù)的數(shù)值；

第三列顯示P值；

第四列顯示P值的計(jì)算方法，分類變量為卡方擬合優(yōu)度檢驗(yàn)，連續(xù)變量為單樣本t檢驗(yàn)。

4. 訪問(wèn)表格元素

如果我們需要獲取表格中的某些統(tǒng)計(jì)數(shù)值，可以將descr(dat)傳遞給一個(gè)參數(shù)，這個(gè)參數(shù)是一個(gè)list列表，然后再讀取其中的數(shù)值。

# my_table是一個(gè)list列表。
my_table?#?可以使用$符號(hào)訪問(wèn)my_table中的結(jié)果
my_table$variables$Sepal.Length$results$Total$mean
#?[1]?5.843333

5. 指定分組變量

上面我們是沒(méi)有添加分組變量的，現(xiàn)在我們?cè)诿枋鼋y(tǒng)計(jì)表中添加一個(gè)分組變量看看。

比如說(shuō)在描述統(tǒng)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)中添加Species分組變量。

descr(dat,?"Species")

如上圖所示，多組連續(xù)變量執(zhí)行F檢驗(yàn)，單因素方差分析。多組分類變量，也就是列聯(lián)表資料，執(zhí)行皮爾遜卡方檢驗(yàn)。

6. 添加組標(biāo)簽

可以給上圖中的行變量和分組變量分別添加標(biāo)簽，換句話說(shuō)就是修改這些變量的名稱。

descr(dat,?"Species",?
??????group_labels=list(setosa?=?"setosa自定義",?
????????????????????????versicolor?=?"versicolor自定義",
????????????????????????virginica?=?"virginica自定義"),?
??????var_labels?=?list(Sepal.Length?=?"Sepal.Length標(biāo)簽",
????????????????????????animal?=?"animal變量",?
????????????????????????food?=?"food標(biāo)簽"))

7. 計(jì)算兩組比較的置信區(qū)間

如果分組變量是二分類變量，函數(shù)會(huì)自動(dòng)計(jì)算并輸出置信區(qū)間的數(shù)值，三分類變量及以上就不會(huì)輸出了。

descr(dat,?"animal")

8. 指定統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)方法

上面執(zhí)行的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)方法都是默認(rèn)的，也可以執(zhí)行我們指定的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)方法。

更多的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)方法選擇：https://imbi-heidelberg.github.io/DescrTab2/articles/test_choice_tree_pdf.pdf

#?去掉數(shù)據(jù)集中的"Species"變量，余下的變量執(zhí)行精確檢驗(yàn)和非參數(shù)檢驗(yàn)
descr(dat?%>%?select(-"Species"),?"animal",?
??????test_options?=?list(exact=TRUE,?nonparametric=TRUE))

分組變量為animal，Sepal.Length變量執(zhí)行Mann-Whitney U test，food變量執(zhí)行Boschloos test。

descr(dat?%>%?select(c("Species",?"Sepal.Length")),?"Species",
??????test_options?=?list(nonparametric=TRUE))

同上。

9. 配對(duì)設(shè)計(jì)t檢驗(yàn)

在配對(duì)設(shè)計(jì)中，分組變量通常跟時(shí)間有關(guān)，比如說(shuō)某一處理前后的比較。

在這種情況下，你需要設(shè)置索引變量來(lái)指定哪些不同時(shí)間點(diǎn)的觀察值需要進(jìn)行配對(duì)。

descr(dat?%>%?mutate(animal?=?fct_recode(animal,?Before="Fish",?After="Mammal"))?
??????%>%?select(-"Species"),?"animal",
??????test_options?=?list(paired=TRUE,?indices=rep(1:75,?each=2)))

10. 設(shè)置有效數(shù)字

DescrTab2包中的每部分摘要統(tǒng)計(jì)信息都可以通過(guò)相應(yīng)的參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。

比如說(shuō)設(shè)置均數(shù)和標(biāo)準(zhǔn)差的有效數(shù)字。

descr(dat,?"Species",?
??????format_summary_stats?=?list(
????????mean=function(x)formatC(x,?digits?=?4),
????????sd?=?function(x)formatC(x,?digits?=?5))
??????)

11. 合并均值和標(biāo)準(zhǔn)差

使用format_options = list(combine_mean_sd=TRUE)即可。

descr(dat,?"Species",?format_options?=?c(combine_mean_sd=TRUE))

有興趣的可以點(diǎn)擊閱讀原文進(jìn)行更深入的學(xué)習(xí)。

參考資料

DescrTab2包幫助文件

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既往專輯

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的c++ pdflib输出表格_DescrTab2包，输出SCI级别的描述统计表的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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