社区发现算法 | Louvain 算法 中的分辨率参数
1. 算法作者的網站
http://www.ludowaltman.nl/slm/
黑色字體的第二段末尾說,三種 Louvain 實現都支持 分辨率 參數,用來決定檢測到社區的粒度:
All algorithms implemented in the Modularity Optimizer support the use of a resolution parameter to determine the granularity level at which communities are detected.
手寫 Louvain 算法時,這個 分辨率 參數怎么體現呢?
是 deltaQ 小于某個值時迭代終止?
該網頁提供的代碼是java版本的:
http://www.ludowaltman.nl/slm/modularity_optimizer_source.zip
有用硬著頭皮看看吧。。。
(2) 分辨率參數的論文
通過其他地方的引用和介紹,多方證據印證,就是這篇論文引入的time 參數,后來被稱為 resolution 參數了。
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How to use “resolution” when applying louvaon algorithm for community detection?
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Louvain clustering: resolution parameter #3184
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分辨率 paper: Laplacian Dynamics and Multiscale Modular Structure in Networks : https://arxiv.org/abs/0812.1770
Another paper Laplacian Dynamics and Multiscale Modular Structure in Networks that is referenced by the implementation of the python-louvain library refers to this as time. -
NextworkX has a resolution parameter:
- 也有文章討論 resolution 的局限性: Narrow scope for resolution-limit-free community detection | 2011 pdf | pdf2 | pubmed
(3) Rigraph 上的爭論
https://github.com/igraph/rigraph/issues/239
觀眾: 原算法作者的java代碼支持 分辨率,希望R版本的 igraph 也支持: http://www.ludowaltman.nl/slm/
igraph 作者: R包Seurat已經通過Rcpp支持了。
觀眾: 不行,我就要,防止代碼擴散嘛
作者: Rigraph 打算在支持 Leiden 算法時添加分辨率參數。
最后,有人提交了一個C版本的PR: (commented on 2 Jun 2020)
https://github.com/jmonlong/Hippocamplus/blob/config/R/rigraph_gammalouvain/community.c
2. 其他短小的python 實現
(1) 實現1: 沒有 resolution 參數
https://blog.csdn.net/qq_16543881/article/details/122825957
這個有問題,小數據集看著還行;
但是對于 3000 個頂點的 pbmc 3k 真實數據集,直接輸出了和點數一樣的社區數,肯定哪里不對。
修正版: Louvain_5.py
ref:
- 介紹 Louvain 算法及其實現 https://zhuanlan.zhihu.com/p/522751212
- 幾篇 Louvain 的論文的區別: https://blog.csdn.net/qq_16543881/article/details/123575014
- Louvain 2018: https://eecs.wsu.edu/~ananth/papers/Ghosh_IPDPS18.pdf
- java 版的調試: https://blog.51cto.com/u_15693947/5409361
總結
以上是生活随笔為你收集整理的社区发现算法 | Louvain 算法 中的分辨率参数的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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