Acellera軟件包括HTMD、ACEMD、AceCloud、Parameterize、AceFlow和ACEMD3模塊。

ACEMD簡介

ACEMD是一款功能強(qiáng)大的生物分子動力學(xué)模擬軟件包，該軟件對NVIDIA GPU作了專門的優(yōu)化。在單工作站上，ACEMD已經(jīng)達(dá)到現(xiàn)有分子動力學(xué)模擬引擎的效能上限，是已知最快的生物分子動力學(xué)模擬軟件。ACEMD支持CHARMM、AMBER、OPLS和Martini力場計(jì)算。

HTMD簡介

HTMD是一個特別的分子可編程環(huán)境，用于準(zhǔn)備、處理、模擬、可視化和分析分子系統(tǒng)HTMD基于Python，用戶能夠輕松地利用Jupyter Notebook在瀏覽器中運(yùn)行IPython進(jìn)行整個計(jì)算實(shí)驗(yàn)，從操縱PDB，構(gòu)建、執(zhí)行、可視化和分析模擬。

?

AceCloud簡介

AceCloud客戶端在Amazon AWS資源上運(yùn)行ACEMD模擬。一旦配置了AWS訪問憑證，用戶就不需要直接與AWS控制臺交互，它會自動執(zhí)行所有文件操作。

Parameterize

Parameterize 是一種簡單有效地獲得新分子力場參數(shù)的工具。

常用的AMBER和CHARMM力場包含生物分子（蛋白質(zhì)，核苷酸，糖類，脂質(zhì)等）的參數(shù)，但缺乏其他生物相關(guān)分子（輔因子，藥物等）的參數(shù)。

GAFF和CGenFF通過使用經(jīng)驗(yàn)規(guī)則和預(yù)先計(jì)算的數(shù)據(jù)集來推導(dǎo)任意有機(jī)分子的參數(shù)。但是，這些參數(shù)不能保證可轉(zhuǎn)移到所有可能的化學(xué)環(huán)境。

Parameterize通過使用QM數(shù)據(jù)改善參數(shù)的質(zhì)量，即重新設(shè)定ESP電荷和可旋轉(zhuǎn)的二面角參數(shù)。它從根本上解決了可轉(zhuǎn)移性的問題。

ACEMD3

ACEMD3是基于ACEMD 2的重大改進(jìn)，其新功能包括：CPU支持、改進(jìn)的性能和簡化的輸入文件。

HTMD安裝

操作系統(tǒng)：CentOS-7-x86_64

硬 件：

安裝Anaconda

1.獲取Anaconda

一、官網(wǎng)https://www.anaconda.com/download/#linux

二、清華鏡像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

?

2.安裝

此后依照提示操作即可

3.配置環(huán)境變量生效

#Anaconda3

export PATH=/usr/anaconda3/bin:$PATH

source ~/.bashrc

4.驗(yàn)證安裝

安裝HTMD

su root conda config --add channels acellera conda config --add channels psi4 conda install htmd

此后依照提示操作即可

注冊HTMD

htmd_register

運(yùn)行HTMD

運(yùn)行ACEMD

運(yùn)行AceCloud

運(yùn)行Parameterize

Parameterize主要用于處理小分子，兼容Charmm和AMBER力場，尤其小分子GAFF力場。

參考資料

https://software.acellera.com/academic-download.html

http://gainstrong.net/works/hudong/2016-01-28/83.html

https://software.acellera.com/docs/latest/acemd/index.html

https://software.acellera.com/docs/latest/acecloud/index.html

https://software.acellera.com/docs/latest/parameterize/index.html

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。