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A:請教大家一個問題：在做對接模擬的過程中蛋白活性中心存在重要金屬離子與配體之間的配位鍵相互作用，這個時候配位鍵應該如何處理?

殷賦科技:你想怎樣處理?

A:直接手動刪除，然后添加構象限制?還是要采用共價對接的方式?

殷賦科技:不用管它，就留它在那。

C:是不是要重算分數電荷?

殷賦科技:分數電荷不好算，就讓它保持正整數吧。

A:好的，一般情況下，這個金屬配位鍵是不是要按照共價鍵來處理呢?

殷賦科技:為啥要這樣處理呢，基于什么考慮?

D:共價鍵結合的是否無法做對接?

A:剛看到一篇文章，是這樣描述的。

殷賦科技:不知道GOLD能不能做這種配位鍵的對接，一般按照非共價結合去對接就好。

D:金屬配位這些，用計算機可能就搞不定了。

殷賦科技:如果以共價鍵來處理，那配體不就被你固定住了嗎，那你不就知道配體的結合構象了嗎，那還要對接干嘛，可是，你知道這個構象是對的嗎、合適的嗎?

金屬與配體之間的相互作用，會在對接過程中考慮的，盡管軟件可能不是以配位鍵來考慮，但以對接這種精度水平的方法來說，也差不多了。

殷賦科技:想要精確考慮，應該做動力學，甚至做QM/MM。

A:嗯，現在有很多做共價對接的方法和軟件，比較AutoDock，好像是在形成共價鍵之前，先進行構象搜索和優化，然后再以正確朝向和位置的構象與氨基酸之間成鍵。是呢，QM/MM分層及計算。

殷賦科技:所以，你可以按照一般的非共價對接去做，找到正確的結合模式后，再手動將配位鍵連起來。

E:?gold好像可以做帶金屬離子的對接。

A:Amber手冊里也有比較詳細的介紹。

F:amber我喜歡和terechem連用，可以用gpu算qm/mm。

G:還有ONIOM。

F:oniom不能算md。一般酶催化都用一些增強采樣算法算pmf，這個能壘考慮了色散和熵，算的比用靜態的過渡態能量準。

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A:請問小分子和多糖的相互作用可以算嗎?

殷賦科技:我司云計算平臺可以計算。

A:通過動力學嗎?

殷賦科技:分子對接即可。如果多糖簡單，直接在平臺上畫出來，如果復雜，最好先找到晶體結構或者用其他軟件方法模擬好構象。

A:只用分析對接會不會不夠有說服力呀?我想問問有沒有合適這種情況的分子動力學力場。

殷賦科技:根據你的研究目的選擇方法，amber就有糖的力場。

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A:群里有人會做基因富集嗎?

B:我，你想怎么富集呢?

A:就是我預測了幾靶點，然后知道對應的基因，想富集以后看主要是哪幾個起作用大。

因為這個化合物活性不錯，但就是不知道靶點。KEGG做過，但我不會分析。

C:用在線的KOBAS或者David，R語言的clusterProfile都行。

A:kobas我一直沒有上上去，網頁一直打不開，是不是我的網絡有問題，還是什么原因？

D:如果是想看看而已 ，可以直接把這些基因扔string 就能出來go分析和kegg分析，很便捷。

A:string是?

D:https://string-db.org/cgi/input.pl?sessionId=4dMpPukDy9nJ&input_page_show_search=on。

C:做ppi的。

D:主要是做蛋白交互網絡的，不過結果里也有go和kegg。

A: 做出來是這樣。

D:

A:不用我設置什么吧，我就把我的基因丟進去，然后選擇人源，然后continue。

D:是的。

A:這個主要是看哪幾個關鍵信息？

D:三個都看看 這是go的三種類別，能大約知道你這些基因主要是做什么的。

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A:我也要請教個問題，結構相似性篩選，大家用什么軟件做的啊?

B:碼代碼。

A:除了代碼呢?

B:不知道了。

C:請教下蛋白靶點預測有什么軟件?

B:ds中的pp可以。

C:你不想代碼，可以試下KNIME。

C:https://www.knime.com/knime-for-dBtB-scientists。

B:knime也需要自己搭流程。

A:ds的pp是啥呀?

B:和knime差不多的東西，但是里面有現成的可以用。

A:那有教程沒?

C:你谷歌下。

A:我有DS軟件，想用自己有的做。

總結

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