宏基因组/微生物组杂志简介及2020最新影响因子
2020年6月29日，2019年度的影響因子發布了，各種影響因子匯總的文章瞬間刷爆了朋友圈。
作為本領域的專業公眾號，每年都會借此機會系統介紹一下本領域的雜志，為同行文獻閱讀、文章投稿的雜志選擇、以及畢業升職加薪助力。
祝大家2020都能實現自己的一個小目標，集齊CNS或子刊！
后臺回復影響因子，獲得2020最新完整版影響因子總表，同時還整理了微生物領域、生物技術與應用微生物領域、環境科學、以及精選本領域相關期刊等詳細專業子表。
綜合類
綜合類就直接上CNS，也稱NSC，不熟悉這個新詞那應該還不算生物領域的同行。較去年相比，Nature微降0.3，Science微漲0.8，Cell上升2.4實現3連漲。
| Nature | 42.77 | 43.07 | 41.577 | 40.137 |
| Science | 41.84 | 41.037 | 41.058 | 37.205 |
| Cell | 38.63 | 36.216 | 31.398 | 30.41 |
自然 Nature
期刊簡介：IF(2019): 42.77(↓)；中科院一區；周刊；版面費：無；年發文量：900篇
期刊網址：https://www.nature.com/
點評：公認最頂級的綜合期刊，影響因子多年穩定在40左右，一直位于CNS之首。近年來微生物組文章多次成為封面，也是同行神往的雜志。但一年僅900多篇的版面，來自全球所有領域的一流高手競爭，發表一篇還是比考上清華難10倍以上（詳見：在Cell、Science、Nature發表一篇論文究竟有多難？）。其首輪拒稿率就有85%以上，相信感受過其投稿被拒的同行們應該深有體會。Nature的投稿周期比較長，第一輪決定、一審和接收的時間中位數分別為8、45和224天，接收后還有2-3個月的修改和校對，通常1年能接收就算極幸運的啦！詳見：https://www.nature.com/nature-research/about/journal-metrics
小編有幸投過三次，一次直接被拒，兩次送審后被拒，至今無發表記錄，希望有緣再見。Nature還是比較喜歡菌群研究論文的，發表過多次菌群專刊，我們收到最多的投稿解讀都來自此雜志，相關鏈接如下：
Nature：何勝洋和辛秀芳組發表植物葉際微生物組穩態機制*
Nature：人類胎盤應該真的是無菌的
Nature：中科院先進院發現空間擴展生境定殖的進化穩定性策略
10篇Nature專題報導人類微生物組計劃2(iHMP)成果及展望
Nature：iHMP之“微生物組與炎癥性腸病”
Nature：iHMP之“微生物組與前驅糖尿病”
Nature：人體菌群研究的25個里程碑
Nature：首個腸道微生物對藥物代謝影響的系統性研究
Nature：TEDDY計劃中幼兒腸道微生物組隨時間的發育
Nature: 來自細菌的通告——群體感知效應
Nature：皮膚微生物群-宿主相互作用
Nature：真菌由腸道入侵胰腺定植富集Malassezia菌
Nature：腸道菌如何影響大腦，幫助消除恐懼相關的行為
Nature：微生物的膽汁酸代謝物調節宿主腸道特異Treg細胞的穩態
Nature專題：腸道菌群研究的現在和未來
Nature：在人類腸道營菌群中發現獲得性細菌防御基因
以上這些全是Nature的文章，如果加上其子刊和綜述類，占比可達本公眾號涉及文章的50%，可見Nature系統在本領域的統治地位。
自然系統等級簡介
首先要知道，自然雜志是一個自主辦刊多達50本雜志的出版集團，自上而下分為五個等級體系，每一級如果被拒稿可依次往下申請轉稿(transfer)。
自然(Nature)。綜合期刊，接收最頂級的研究，同時要考慮非同行的讀者可以閱讀或有廣泛受眾的要求。年發文900篇文章左右，有略微增長的趨勢，但限于紙質版和周刊的限制，文章量上升空間有限，版面極稀缺，此雜志絕對是讓博士瞬間變博導的第一神器，如遺傳發育所的李姍憑借Nature封面文章，博士畢業直接成為南京農業大學最年輕的教授、博士生導師，詳見 https://baike.baidu.com/item/%E6%9D%8E%E5%A7%97 。
自然子刊(Nature XXX)。XXX代表專業領域頂級期刊，影響因子范圍一般10 - 40，影響因子因學科不同存在很大差異，但不影響其作為各領域頂級期刊的地位。雖然自然生物技術(15年引影響因子43分)高于自然(38分)5分多，但很多文章仍是自然拒稿轉投的產物。自然主刊的認可度和傳播影響是其他子刊雜志無法比擬的。
自然通訊(Nature Communications)。簡稱NC，主要發表開創性研究成果，主要承接自然及子刊拒稿的頂級研究。開放獲取，但收取文章處理費用（Article processing charges，簡稱APC）$5,380，近4萬人民幣(雖然子刊有可能沒有通訊影響因子高，但定位是高于通訊的)。NC影響因子比較穩定，但發稿量逐年快速增加，19年發表5000多篇，中國是第二大發文國，近三年發表3639篇，照這速度發展不跌都很難。
通訊系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通訊拒稿，要求有一定創新性研究成果，2018年創刊，其中與我們相關的通訊生物(Communications Biology)發文量908篇，今年獲得首個影響因子 4.1，將來大概率在8分以上，值得關注。開源，APC $3,290，約2.33萬元。 主頁：https://www.nature.com/commsbio/
科學報告(Scientific Reports)。影響因子3.9，五連跌。即能承接上面4級篩選后的文章，肥水不流外人田；又可以搶占開放獲取市場巨大的蛋糕，文章只要求科學性，不要求創新性，接收率60%。近3年發表文章6萬多篇，中國大陸發表14,534篇，是本刊第二大金主(原來是第一大，本刊近年國內口碑差，中國發文量一年下降5千多篇)。要知道每篇文章的出版費用達人民幣1.32萬元(1870$)，1.4萬篇文章的資金流水近2億多元。詳見主頁：https://www.nature.com/srep/
雖然目前自然出版集團雜志種類不多，但占領了各領域的高端用戶，并作憑借其影響力，火力全開吸納中低端用戶，5級金字塔模式——精確滿足不同層次客戶的文章發表需求，在科研領域的影響力無人能比。此外Nature還眾多知名機構合作期刊，如本土一哥Cell Research (20+)，此外還有還眾多npj開頭的合作創辦雜志，玩法多多，全面迎合快速發展的學術出版領域。
科學 Science
期刊簡介：IF(2019): 41.845(↑); 中科院一區；周刊；年文章數800篇。
期刊網址：http://www.sciencemag.org/
點評：頂級的綜合期刊，生物領域CNS三巨頭之一，文章正文篇幅短小，題材偏科普，要求受眾廣泛。近兩年影響因子穩定40以上，審稿意見要求照顧非專業讀者的可讀性，還是很有前途的，近年來微生物組文章多次成為封面，也是同行神往的雜志。如上圖左1的封面即為中科院微生物所王軍老師共同一作的代表性研究成果。
小編也參與投稿過兩次，一次直接被拒，只能換雜志了，最后我們投了《中國科學》；另一次投稿送審，第一輪大修并被拒，按要求補實驗后重投，再次送審返回意見小修，并改Report為Article，并按審稿人建議將擬南芥的研究補充水稻和小麥的以拓展研究意義的廣泛性和擴大讀者群后，最終被《科學》接收，而且制作了封面但沒有被選中。能搭上Science的車可讓成果傳播極廣，即使我研究植物微生物組這么小眾的領域，文章發表后當月閱讀過萬，一年引用高達61次(另一篇類似的工作在中國科學僅有15次引用)，這也許才是大家想發CNS的最終目的——更廣泛的科學傳播。
Science也比較喜歡菌群研究，本平臺導讀過如下相關成果：
Science：擬南芥三萜化合物特異調控根系微生物組* 專家點評
Sciences：用膳食纖維”釣”出15株緩解糖尿病的細菌！*
Science綜述：利用根際微生物組提高作物抗旱和產量
Science：腸道菌群又添一大功能，揭示你的真實年齡
Science：亞硝酸鹽氧化細菌在黑暗海洋中的主要作用
Science：又一明星菌群可以調控腸道免疫？
Science：固氮（The nitrogen fix）
Science：比較基因組揭示銀邊魚應對捕魚行為的表型進化機制
Science評論|只需加一種菌，番茄不僅抗鹽脅迫還提高65%產量！
Science：微生物組“淘金熱”，從人體中發現新型抗菌劑
Science：病原菌激活植物內生菌群的抑病功能
Science：綜述腸道菌群如何影響社交行為
Science: 微生物組是宿主新興表型的來源
Science：充滿銨鹽的環境依然發生固氮
細胞 Cell
期刊簡介：IF(2019): 38.637(↑2.4); 中科院一區；雙周刊；年文章數400篇。
期刊網址：https://www.cell.com
開放獲取：$5900 (https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes)，4萬多人民幣，但好像能發表的人群中沒人在乎這價格
點評：生物領域頂級期刊，CNS三巨頭之一，文章正文篇幅長（Nature最多6個圖，Cell允許7個圖），要求機理解析清楚，學術性非常強，插圖摘要(Graphic Abstract)是其雜志的一大特色，影響因子穩定在30以上，連續四年上漲。小編投過一次送審，建議大修并拒稿，按要求修改后連同審稿意見轉投Nature Biotechnology一輪小修后接收。此外Cell雜志社的OA費用一般都價值不菲，很多在5000刀上以，詳見 https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes 有Cell各雜志文章AO價格表。
2018年三月推出的菌群專刊(上圖左1)，讓無數同行為之瘋狂：
Cell：22篇微生物文章為微生物組打Call
本平臺導讀過如下相關成果，2篇研究，2篇方法，4篇綜述和2篇新冠：
Cell：中科院遺傳發育所周儉民受邀綜述植物免疫激活及信號傳導的最新進展
Cell：土傳遺產
Cell：植物根系如何允許有益微生物定植的
Cell綜述：人類腸道菌群-從關聯到調控
Cell ：根部微生物跨界的互作促進擬南芥生存
Cell：新方法PopCOGenT鑒定微生物基因組間的基因流動
Cell：小基因開啟微生物組研究新領域——大規模鑒定微生物基因組編碼的小蛋白質
Cell：絕對異養型生物改造成完全自養型生物
Cell二連發 | 廣東CDC/耶魯大學利用納米孔測序揭示中/美新冠病毒基因組流行病學傳播規律
為什么我們很少推送Cell的Aritle文章呢？因為文章太長，無論是編輯整理，還是同行手機閱讀，都不太適合。在文獻科普導讀領域，有熱心腸己經非常專業了，有更深層次需求的專業人士，自然會仔細閱讀原文。
美國科學院院報 PNAS
期刊簡介：IF(2019): 9.412(→)；中科院一區；周刊；年文章數約3200篇。
期刊網址：http://www.pnas.org/
點評：其全稱為 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾經是綜合期刊類影響因子世界第三，現己被后起之秀National Science Review、Nature Communications、Science Advances、Advanced Science等新興期刊超越。但其強大的院士編委團隊、總引用量還是可以和CNS比肩的。比較有特點的是院士貢獻機制，每位美國科學院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的機會，即采用審稿人指定兩位同行院士直接審稿的機制。有人認為Contribute有灌水嫌疑，也有人認為此類文章更有價值(用人單位更愿意選擇有多篇Contribute PNAS的作者作為引進人才，正是看中你院士導師對你的認可，和他強大的院士朋友圈，萬一投稿不順還可以求助前老板發動技能來個PNAS保底)。
值得注意的是，綜合雜志上發表的生物學文章，一般真實引用都是高于雜志影響因子的(因為生物圈子足夠大，學科交叉強，引文偏多三大因素)，都是雜志中拉分的主力。如我們報導過的下面這篇文章，發表5年，引用800多次，比Nature平均引用還要高4倍多。
PNAS：水稻微生物組
這里還要提另一個件事也能證明PNAS的江湖地位。某研究所4個人申請博新計劃，2人各有一篇PNAS才9分全部入選，2人有Cell Rsearch近20分都沒有入選。是對本國雜志不自信，還是更看重PNAS的國際影響力嗎？個例，沒有統計為意義！僅供參考。
PNAS: 干旱延緩高粱根系微生物組的建成并富集革蘭氏陽性菌
PNAS：人類皮膚微生物的獨特性和哺乳動物的系統發育共生現象
PNAS：病原菌在植物免疫下的轉錄組
PNAS：根系分泌物香豆素調控微生物群落結構并促進植物健康
PNAS：玉米根際的大規模田間重復研究確定可遺傳的微生物 方法解讀
PNAS：人工構建玉米極簡微生物組
PNAS: 兒童生長發育遲緩 = 長期饑餓？
PNAS：問微生物群落演替之隨機性與確定性過程-誰主沉浮
自然通迅 Nature Communications
期刊簡介：IF(2019): 12.121(↑0.2); 中科院一區；通常簡稱NC，19年文章數5444篇。文章處理費用，$5380(近4萬，真的好貴，發不起)，中國是第二大發文國，17-19三年累計發表3639篇，平均每月過100篇，每天3.3篇，天天有也不算什么新聞了。
主頁：https://www.nature.com/ncomms
影響因子較穩定，而其中的生物學文章更是拉分能手，但發文量持續增加，個人持看跌的態度。如：
NC：菌物組構建—-隨機性v.確定性、干旱脅迫、宿主篩選、統一動態(郭良棟、楊軍點評)*
NC：沈陽生態所揭示病原真菌和昆蟲對溫帶森林木本植物物種共存的重要作用
NC：全球柑橘根際微生物組的結構和功能
NC：16S序列預測培養基配方
Nat. Commun.：降低微生物群落復雜度突破組裝難題
NC：恢復菌群多樣性或能降低耐藥性
NC：蜜蜂腸道微生物的多樣性
NM：全球污水處理廠細菌群落揭秘！
NC：南農沈其榮、張瑞福團隊揭示多樣性激發的確定性細菌裝配過程限制群落功能
NC：你覺得你吃的是草，其實你還是吃的土(遺傳發育所朱峰)
NC：應對干旱 細菌崩了 真菌依然很穩（純網絡分析發Nature子刊）
NC：南土所賈仲君組-稻田甲烷氧化的微生物機制
NC：免疫組庫高通量分析工具：IGoR——更精確剖析免疫組庫
Nature子刊
自然生物技術 Nature Biotechnology
期刊簡介：IF(2019): 36.558(↑5); 月刊，分類為生物技術與應用微生物(Biotechnology & Applied Microbiology)， 中科院一區；年文章數100篇左右。
點評：本期刊文章量少，年均100篇左右，卻擁有4萬左右的引用量，影響因子波動3-5分比較正常，但無論它是30分還是40分，絕對不會影響它作為生物領域技術一哥的地位。小編參與投稿此雜志兩次全中，一篇作為封面文章發表(上圖右)，另一篇是QIIME發表一年被近引500多次，以后有技術類的文章仍然首選此刊！
此刊發表有大量本領域的方法、軟件、測評的文章，上圖中的三期封面分別為：18年11月宏基因組建庫組裝方法、19年2月超高速細菌基因組檢索、和19年6月水稻根系微生物組，本平臺均進行了專題報導。此外，我們還報導多篇此雜志文章如下：
NBT：19新年4篇35分文章聚焦宏基因組研究
NBT：南農突破成果—噬菌體：土壤“狙擊手”激發根際防御軍團(附視頻)*
NBT封面：納米孔基因組測序快速臨床診斷細菌性下呼吸道感染
NBT：MaPS-seq測序方法揭示腸道微生物空間分布
NBT：線蟲的工程細菌共生體提高對西方玉米根蟲的生防潛力
NBT：利用血液代謝組預測腸道微生物組的多樣性
NBT：利用細胞甘油三酯存儲提高鏈霉菌中聚酮類化合物的效價
NBT：根際微生物組抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
NBT：宏基因組中設計全面可擴展探針捕獲序列多樣性
PICRUSt——16S預測宏基因組
DNA提取也能發Nature？
NBT：實驗vs分析，誰對結果影響大
NBT：高通量測序16S及18S rRNA全長
NBT: 宏表觀組—DNA甲基化輔助宏基因組binning
自然方法 Nature Methods
期刊簡介：IF(2019): 30.822(↑2); 月刊，生物化學研究方法(Biochemical Resarch Methods)，中科院生物化學研究方法 ( 一區 )；年文章數150篇左右。
方法學神刊，影響因子在30左右波動，生物學軟件方法、評測類文章能發于此，是很多同行的追求(極少數可發NBT，如PICRUSt 2和QIIME2，但可望而不可及)，此雜志要求不僅要軟件好用，更要結合具體科研項目提供新的發現。如擴增子領域的UPARSE、DADA2、UniFrac、SourceTracke、FEAST等，宏基因組領域的MetaPhlAn2、HUMAnN2、Salmon等均發表于此雜志，本平臺報導此雜志文章如下：
Nature Methods：快速準確的微生物來源追溯工具FEAST
SourceTracker—微生物來源分析
DADA2中文教程v1.8
MetaPhlAn2一條命令獲得宏基因組物種組成
Nature Method：HUMAnN2實現宏基因組和宏轉錄組種水平功能組成分析
Nmeth：DEMIC——使用宏基因組數據預測細菌的生長速率
Nat. Methods: 宏基因組軟件評估—人工重組宏基因組基準數據集
不比對快速估計基因豐度Salmon
Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物組大數據
Salmon是一個能看出平臺重要性的例子。同一個軟件在bioRxiv上兩年多才引34次，發布在Nature Methods上不到2年就引用622次。相同時間引用差距達20倍，所以好方章有好的宣傳平臺太重要了，結果不言而喻。
其它自然子刊
自然子刊的成員非常之多，但定位均高于Nature Communications，雖然有些子刊影響因子低于NC，但也是有被拒后轉稿至NC的機會。
下方再簡介幾個我們報導過微生物、菌群相關文章的子刊：
Nature Medicine：IF(2019): 36.130(↑6); 中科院一區；月刊，年文章數190篇。
Nat. Med.：iHMP之“微生物組與早產”
Nat. Med.：嬰兒生命早期腸道病毒組和細菌組的動態
Nat. Med.: 菌群與疾病的關：先有雞還是先有蛋？
Nature Genetics：IF(2019): 27.603(↑2); 月刊，遺傳學 (一區)；年文章數200篇。近5年影響因子連續下降，今年略微上升，也許和GWAS熱度下降有關，但微生物組的GWAS才剛剛開始
Nat. Genet.：微生物如何適應植物的？ 評論 正文
Nature Plant：IF(2019):13.256(→); 植物學 (一區)。 曾經的植物學霸主Plant Cell目前只有9.6，不知什么心情，但大家都很努力，比如PC也開辦了公眾號，要求接收稿件配套寫好中、英宣傳稿，也是很有效果的。
Nat. Plant: 可持續農業生態系統中的核心微生物組
NP：華中農大Kenichi Tsuda組利用植物體內原位細菌轉錄及蛋白組學鑒定寄主免疫攻擊的病原菌蛋白
此外還有Nature Geoscience：IF(2019): 13.566；Nature Ecology & Evolution：IF(2019): 12.541 等雜志也會發表微生物組相關文章。
微生物組領域
目前微生物組還不是學科大類，最相關的分類是微生物、生物技術與應用微生物兩個大類。
我們查詢了Journal Citation Reports中的Microbiology類別共134本雜志，下圖為前9名的雜志。公眾號后臺后臺回復“IF”獲得詳細列表。
我們發現有6本是綜述，只有3本是研究論文型雜志，分別是Cell和Nature子刊，以及Microbiome，特點是全部10分以上。我們將先對研究型雜志進行簡介，再系統介紹綜述雜志。
細菌宿主與微生物 Cell Host & Microbe
期刊簡介：IF(2019): 15.923(↑); 月刊，分類為微生物學(microbiology)、寄生蟲學(parasitology)和病毒學(virology)， 中科院一區；年文章數130篇左右。
期刊網址：https://www.cell.com/cell-host-microbe
開放獲取：$5200 (https://www.cell.com/rights-sharing-embargoes)，近3.7萬人民幣，要是能中估計沒人差錢
編委：雜志編委（Advisory Board）目前共有43人，共有三位華人入選，分別為美國科學院院士董欣年(Xinnian Dong
)、北生所(NIBS)的邵峰和中科院遺傳發育所的周儉民研究員。
總結：前幾年影響因子持續走高，去年下降2分，今年略微上升，近5年范圍12-18分間波動，仍然保持微生物領域影響因子最高的專業雜志(綜述除外，自然微生物綜述34.2/臨床微生物綜述22.5高于此雜志)，但一哥的位置也受到了新辦Nature Microbiology的挑戰。小編負責微生物組分析的文章有幸在此雜志發表過一篇，感覺標準和Cell差不多，特點是篇符長，對方法和數據公開要求嚴格，主要承接Cell中被拒的優秀微生物稿件。本平臺也導讀過多篇此雜志文章如下：
Cell子刊：中科院遺傳發育所周儉民組發現特異靶向病原菌致病力的植物天然產物并闡明作用機制*
Cell子刊：發現60%的非酒精性脂肪肝與腸道菌有關，攜帶者體內酒精可達健康人4-6倍
CHM：中山大學李劍峰組揭示植物利用細菌獲得真菌抗性
CHM綜述-建立因果關系：合成菌群在植物菌群研究中的機會
CHM：根瘤菌微生物群落的模塊化特征及其與共生根瘤菌的進化關系
CHM：成年同卵雙胞胎的病毒組多樣性與腸道微生物組多樣性相關
CHM：碳水化合物限制飲食對人類肝脂肪變性的快速代謝益處的綜合理解
CHM：新生兒腸道微生物菌群研究
CHM:小腸菌群與脂肪的消化和吸收密切相關
自然微生物 Nature Microbiology
期刊簡介：IF(2019): 15.5(↑1.2); 微生物學1區；18年文章數141篇，19年上漲至236篇。
期刊網址：https://www.nature.com/nmicrobiol
周期：第一輪決定、一審、和接收的中位數分別為5，41和206天。
隨著微生物組領域大熱，自然雜志雖然已經有合作發行的ISME統治微生物領域，但也繼續發力自主創辦了微生物學子刊，該雜志18年首次獲得影響因子即破14，19年微漲，20年繼續上漲，將來稿源會更加充足，水平有望進一步穩中提升，直接填補了本領域從40分(CNS)到10分(Microbiome、ISME)中間的巨大的空白地帶。會與Cell Host & Microbe競爭專業一哥的位置，且稿件研究內容更加偏重機理，與ISME的文章類型存在較大差異。
在已經有Nature Reviews Microbiology的條件下，該雜志仍繼續約大牛發綜述，也接受軟件類文章，充分保證其影響因子處于高位，估計明年可能拿下Cell Host & Microbe成為新一哥。
Nat Micro綜述：腸道菌群如何劃分腸型
Nat Micro軟件：DAStool利用去重、聚合和評分的策略從宏基因組中恢復基因組
Nat Micro：房剛組揭示細菌表觀遺傳調節艱難梭菌孢子形成*
Nat Micro：視頻解讀！鐵載體：作物根際稀缺資源保衛戰的“秘密武器”
Nat Micro：微生物組數據系統發育分析的方法
Nat Micro：全球污水處理廠細菌群落揭秘！
Nat Micro：植物根系分泌物影響菌群結構
Nat Micro：豐度決定了細菌在復雜群落中的功能作用
Nat Micro: 西農大許金榮課題組在小麥赤霉病研究領域取得重要突破
Nat Micro: 四分之一常用的非抗菌藥物，居然也會抑制人體腸道菌群？
微生物組 Microbiome
期刊簡介：IF(2019): 11.607(↑1.2)，三連漲; 網絡刊，中科院一區；近4年文章數分別為63/154/220/151篇。
期刊主頁：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/
本領域我個人最喜歡專業期刊，名字起的好，發展沒煩惱。當年我們創辦公眾號就想注冊微生物組這個名字，結果被人搶注了。只能退而求其次選擇了宏基因組。該雜志中國目前僅有兩人在編委之列，分別為前華大基因組王俊(編委會成員)，和南京農業大學的成艷芬教授(動物微生物組方向副主編)
本雜志獲得影響因子僅有5年(微生物組興起也就近10年)，發文量逐年增長較快，但在19年有明顯下降，有利于其進一步提高質量和提高影響因子。本刊在同行中影響很大，我們也導讀過其多篇文章，偏方法多一些，估計將來會穩中有升。優點是網絡期刊，不限篇幅，有的文章圖很多，要求數據必須公開且盡量提供可重復代碼；缺點也很明顯，如圖片全為位圖不清楚且不可檢索，文章質量和Nature子刊差距明顯，沒有封面等。
大陸為本雜志第二大稿源，近3年已發表100篇，下面是20多篇我們報導的文章，多半是同行發表文章的作者解讀：
Microbiome：華中農大謝卡斌組利用CRISPR系統減少16S rRNA基因測序宿主污染*
Microbiome：南土所孫波組揭示間作重塑根際微生物組并促進生長的機制
Microbiome：南京農大團隊在粘細菌捕食的生態學功能方面取得重要進展
Microbiome：中外合作揭示微生物群落降解復雜微生物聚合物的酶(視頻導讀)
Microbiome：環境過濾驅動農田生態系統土壤古菌獨特的空間分布*
Microbiome：土壤微生物驅動退耕還林系統土壤剖面的養分循環*
Microbiome：40年施肥處理后固氮菌及氮固定受抑制 新聞稿:南土所褚海燕組揭示長期施肥抑制根際微生物固氮的作用機制*
Microbiome：根系分泌物驅動土壤記憶抵御植物病原菌*
Microbiome：馬鈴薯瘡痂病與土壤微生物組關系新進展*
Microbiome：所謂的“富集培養”獲得的微生物真的都是被“富集”出來的嗎？*
Microbiome：雞腸道微生物宏基因集(張和平、魏泓、秦楠點評)*
Microbiome：應用多維宏組學方法協同揭示復雜細菌群落對目標底物代謝的菌間相互關*
Microbiome：利用Nanopore高通量測序技術解析污水處理體系可移動抗性基因組*
Microbiome：隨機過程主導亞熱帶河流微型真核浮游生物群落構建*
Microbiome：擴增子16S分析蘇鐵類植物微生物組*
Microbiome：韋中組揭示根際原生動物群落是決定植物健康的關鍵因素*
Microbiome：野生哺乳動物的皮膚和腸道微生物對核污染的反應
Microbiome：微生物在植物世代之間的旅程
Microbiome：南農張瑞福團隊揭示放牧引起草原微生物組變化驅動土壤有機碳的轉化和生產力的提升
Microbiome：中科院遺傳發育所揭示植物發育和氮肥共同作用下的小麥根系微生物組
Microbiome：土壤微生物群落對有機和無機土壤改良劑和細菌入侵的恢復力
Microbiome：NGLess語言實現快速可重復分析宏基因組的流程NG-meta-profiler
Microbiome：首個地球微生物“社會關系”網絡在浙大繪制！
Microbiome: 再論擴增子功能預測分析(Picrust)的效果
微生物生態交叉學科雜志 ISME Journal
期刊簡介：IF(2019): 9.180(↓)；月刊，中科院一區；年文章量250篇左右。
期刊網址：http://www.nature.com/ismej
全稱Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生態交叉學科雜志)，主編是英國紐卡斯爾大學的Ian Head
，也由Nature出版社發行，但是合作關系，微生物領域老牌頂級雜志，之前僅次于Cell Host & Microbe排名第二，目前被新辦的Nature Microbiology和Microbiome超越，排名第4，但并不影響它在大家心目中的地位，而且文章類型偏生態和交叉學科，也與前3名的雜志定位明顯不同。近5年發稿量和影響因子非常穩定。2019時中國僅有兩人入選編委，全部來自上海交通大學，分別為生命科學技術學院副院長趙立平(高級主編Senior Editor)和海洋學院的張宇副研究員(編委會)。2020年5月新增2人，分別是南京土壤研究所的褚海燕研究中和香港中文大學的助理教授羅海偉。
本刊近3年中國發文83篇，僅少于美國德國法國排名第四，下在是公眾號解讀本刊的文章如下：
ISME：中科院動物所張知彬組揭示腸道微生物介導了降雨變化對布氏田鼠種群的上行效應*
ISME：群落構建過程的平衡介導農田土壤微生物群落物種共存*
ISME：污水廠抗性組受細菌組成和基因交換驅動且出水中抗性表達活躍*
ISME：城環所楊軍組揭示水庫藍藻影響真核浮游生物的群落演替和物種共存*
ISME：宿主性別可以決定腸道微生物對寄生蟲感染的響應*
ISME：華中農大李霞組發現大豆根際微生物組變化與根瘤菌共生效率的關系
ISME：病原菌介導植物根際有益微生物群落組裝
ISME：菌根真菌菌絲分泌物中的果糖作為信號激發解磷細菌活化植酸
ISME：微生物生態學中的挑戰：建立對于群落功能與動態的預測性認識
ISME：高手開杠-‘1%的微生物可培養’到底為哪般？
ISME：相關分析在微生物生態學中的應用與誤用
腸道微生物 Gut Microbes
期刊簡介：IF(2019) 7.740(→); 雙月刊，SCI微生物領域1區。
期刊主頁：https://www.tandfonline.com/toc/kgmi20/current
Gut Microbes獲得第二個影響因子，與去年基本持平， 近三年文章數穩定在50左右。中國發文章較少，近3年僅發文4篇，下面是公眾號解讀的一篇：
Gut Microbes：南醫大劉星吟團隊揭示腸道微生物與孤獨癥相關*
美國微生物學會 mSystems/mBio
期刊主頁：https://msystems.asm.org/
mSystem 期刊簡介：IF(2019) 6.633(↑); ?微生物學一區，自2017年至今第3次獲得影響因子，影響因子穩中帶升，雙月刊。由美國微生物學會主辦，由Jack A. Gilbert創辦并兼任主編，17-18年文章數量分別為77/133/202，逐年倍增，影響因子近兩年也穩定于6以上。編委中2名來自中國，分別為中科院青島能源所的徐健(高級編輯)和中科院南京土壤所的褚海燕(編委)。對中國較友好，中國大陸發文量僅次于美國，排名第2，近3年發文62篇。
下面是宏基因組公眾號報導本雜志的相關文章：
mSystems：南昌大學徐振江團隊發現微生物預測年齡皮膚比腸道更準確
mSystems：南京土壤所褚海燕組受邀發表微生物生物地理學綜述(官方配視頻簡介)
mSystems： 南土所褚海燕組揭示了大空間尺度下空間比季節對土壤微生物群落的影響大
相對豐度會歪曲實際豐度，聯合16S擴增子測序和總菌qPCR獲得的絕對豐度可靠嗎？
期刊主頁：http://mbio.asm.org/
期刊簡介： IF(2019) 6.784(→); 微生物學一區。近五年文章數從400增加到600左右，穩中帶升，影響因子也穩定于6以上，審稿周期平均1.4個月，由美國微生物學會主辦。編輯團隊中無中國人參與，中國大陸發文量排名第4，近3年共發表125篇。
mBio：微生物組學研究的可再現性、可重現性、穩定性與普適性
微生物學前沿 Frontiers in Microbiology
期刊主頁：http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology
期刊簡介： IF(2019) 4.235(→); 微生物學一區但較邊緣，年文章數2000多篇，之前快速增加，2019年略有下降，影響因子穩定在4以上，審稿周期平均1.8個月。由于其巨大的發行量，我們平時會經常看到它的文章，我國是本刊第一稿源國，近三年發表2601篇。
FM：大熊貓的腸道菌群可能并沒有特化出發酵纖維素的能力
應用與環境微生物學 Applied and Environmental Microbiology
https://aem.asm.org/
AEM 期刊簡介：IF(2019) 4.016(→); ?微生物學二區，生物技術與應用微生物一區，半月刊。由美國微生物學會主辦，年文章數量約為600篇左右。編委中1人來自中國，是中科院微生物研究所前所長劉雙江。對中國較友好，中國大陸發文量僅次于美國，排名第2，近3年發文399篇。更多介紹詳見下方鏈接：
環境&微生物期刊—Applied and Environmental Microbiology
應用微生物學和生物技術領域優質期刊介紹：Applied Microbiology and Biotechnology
其他微生物期刊
臨床傳染病 Clinical Infectious Diseases
https://academic.oup.com/cid
期刊簡介： IF(2019) 8.313(↓); 醫學 ? ?1區、IMMUNOLOGY 免疫學 1區、INFECTIOUS DISEASES 傳染病學 1區、MICROBIOLOGY 微生物學 1區。近五年文章數穩定在550左右，影響因子也穩定于9以上，今年首次降為8。
生物膜與微生物組 npj Biofilms and Microbiomes
https://www.nature.com/npjbiofilms/
期刊簡介： IF(2019) 7.067(↑)，新雜志，第3個影響因子，實現二連漲(4→6→7); 微生物學一區。年文章數30左右，影響力非常有限。
臨床微生物與感染 Clinical Microbiology and Infection
https://onlinelibrary.wiley.com/journal/14690691
期刊簡介：IF(2019): 7.117(↑2)，近5年持續增長; 月刊；MICROBIOLOGY 微生物學 和 Infectious diseases 感染疾病 1區；近3年文章數分別為188/232/256篇，文章量穩定增長。中國大陸近三年有59篇文章發表，全球排名第10。
公共圖書館-病原學 PLoS Pathogens
https://journals.plos.org/plospathogens/
期刊簡介：IF(2019): 6.218(↓)，近5年穩定6以上，但略微下降; 月刊；MICROBIOLOGY 微生物學、病毒學、寄生蟲學1區；近3年文章數分別為620/565/534篇，文章量穩定但略微下降。中國大陸近三年有222篇文章發表，全球排名第3。
綜述
自然綜述:微生物學 Nature Reviews Microbiology
https://www.nature.com/nrmicro/
期刊簡介：IF(2019): 34.209(→)，微生物領域唯一過30的雜志，月刊， 微生物學一區；年文章數50篇。隨著微生物組領域大熱，該雜志近5年影響因子持續走高，前年直接提高5分破30，去年又漲3分，今年基本持平。可見微生物組領域的大熱勢不可擋。
點評：自然綜述系列，定位和自然子刊水平差不多，找最頂級的大牛寫最全面的綜述，基本都是約稿，被約的人都是在主刊和子刊發表系列工作、開創新領域的大佬們，能被約就是對你大佬身份的認可。近3年中國大陸發表9篇，排名第11位，表明我國在微生物組頂級領域的引領力和影響力仍需進一步提高。
作為連續走高且30分以上綜述，確實篇篇給力，只要和你的研究相關，確實值得精讀，一篇頂百篇，超級系統的入門材料，相關文獻一網打盡。還不知道如何入行的，快找兩篇和你相關的文章，讀懂讀透，可最高效入行。本平臺報導多篇：
NRM：手把手教你分析菌群數據 2020更新
NRM：微生物構成的氮循環網絡
NRM：人類微生物培養及培養組學
NRM: 藍藻水華的形成機理及防治動態
NRM: 擁抱未知-解析土壤微生物組的復雜性
NRM: 追“根”溯源：植物根際的微生物生態
NRM 關鍵物種對于微生物菌群結構和功能的驅動作用
NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守門人
NRM：微生物的社交網絡 - 營養缺陷型如何塑造復雜群落
臨床微生物學綜述 Clinical Microbiology Reviews (CRM)
https://cmr.asm.org/
期刊簡介：IF(2019): 22.556(↑5); 微生物學 1區，唯一的20分檔雜志，也由美國微生物學會主辦，季刊；年文章數30-35篇。
微生物學與分子生物學綜述 FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS
https://onlinelibrary.wiley.com/journal/15746976
期刊簡介：IF(2019): 13.920(↑2); 微生物學 1區，由歐洲微生物學會(Federation of European Microbiological Societies, FEMS)主辦，雙月刊；近3年文章數分別為57/43/33篇，呈現逐年遞減。
FEMS綜述: 如何從微生物網絡中的“毛線球”理出頭緒
FEMS: 森林微生物組多樣性，復雜性和動態變化
微生物學趨勢 Trends in Microbiology
https://www.cell.com/trends/microbiology
期刊簡介：IF(2019): 13.546(↑2); 微生物學1區，由Cell出版，月刊；近3年文章數均為76篇。中國近3年發表20篇，排名第8。
TM：微生物稀有生物圈群落裝配過程
TM：宿主-細菌界面的MicroRNA：宿主防御或細菌攻擊
微生物與分子生物學綜述 Microbiology and Molecular Biology Reviews (MMBR)
https://mmbr.asm.org/
期刊簡介：IF(2019): 12.568(↓3); 微生物學1區，美國微生物學會主辦，季刊；近3年發文20/17/15篇。近3年中國發表3篇。
微生物學年評 Annual Review of Microbiology
https://www.annualreviews.org/journal/micro
期刊簡介：IF(2019): 11(↑)，近5年一直在10左右; 微生物學1區，年評是一類超長綜述，相當于簡單教程，通常幾十頁，按年發行，類似年鑒，本雜志自1947年起發行超過70年；近3年發文分別為37/24/30篇。近3年中國發表5篇。
ARM：植物微生物組的生態學與進化
微生物學現狀 Current Opinion in Microbiology
https://www.sciencedirect.com/journal/current-opinion-in-microbiology
期刊簡介：IF(2019): 8.134(↑2); 雙月刊；MICROBIOLOGY 微生物學 1區；近3年文章數分別為123/109/72篇，文章量進一步下降，表明雜志稿源競爭激烈，但影響因子進一步上升，表明本領域發展趨勢向好。
小編團隊去年受邀撰寫了一篇，而且正由小編主筆。此雜志只接受約稿，連注冊和投稿的地方都沒有，只能從編輯發給的邀請鏈接方可進入。Current系列是短文形式，要求3000字以內，一般1-2個圖，與Nature和Annual的長綜述完全相反。由于內容較少，這也限制了其影響因子，很難突破10。優點是短文章寫作較容易，一般1周左右可完成初稿，但從此雜志文章量逐年下降，也看到了其難約稿的尷尬境地。因為10分以的綜述確實很難約大牛，而且去年連7分不到，遠低于我所的平均分，對老板一般沒啥吸引力，助手寫寫還算湊合。而且此期刊對中國人約稿較小，近三年僅有4篇文章發表，全球排名19位。
由于短文學習容易，公眾號也分享過多篇相關文章：
COM：遺傳發育所白洋組發表重組菌群體系在根系微生物組研究中應用綜述*
COM：下一代微生物組技術在作物生產中的應用——局限性以及基于知識的解決方案的需求
COM：病原體之外-微生物組與植物免疫系統的相互作用
COM：根系-土壤-微生物互作
COB：自然界的循環利用-厭氧微生物群落推動著自然生物質的降解
COM: 土壤微生物組——從宏基因組學到宏表型組學
其他綜述
微生物學評論 Critical Reviews in Microbiology 期刊簡介：IF(2019): 7.349(↑2); 季刊；MICROBIOLOGY 微生物學 1區
；近3年文章數分別為42/44/41篇，文章量穩定。表明雜志稿源競爭激烈，但影響因子進一步上升，表明本領域發展趨勢向好。中國近三年有20篇文章發表，全球排名第2，第一名居然是印度發表了22篇。
環境科學
水研究 Water Research
https://www.journals.elsevier.com/water-research
期刊簡介： IF(2019): 9.130(↑2)，歷史最高7分直接破9; 環境科學/水資源/工程 1區，由國際水學會（International Water Association (IWA)）創辦的期刊，近3年文章數分別為803/840/940篇，發文量和影響因子持續上升，審稿周期平均2.0個月。
WR：微生物污染源解析中宿主特異性標記物在中國的表現特征*
GLOBAL CHANGE BIOLOGY
https://onlinelibrary.wiley.com/journal/13652486
期刊簡介： IF(2019): 8.555(→)，影響因子近5年一直保持8~9之間，環境科學/生態學/生物多樣性保護 1區，近3年文章數分別為424/491/321篇。近3年中國發文203篇，排名第5。
GCB：農田土壤豐富真菌比稀有真菌適應更廣(一作解讀+主圖重現)
環境科學與技術 Environmental Science & Technology
https://pubs.acs.org/journal/esthag/
期刊簡介： IF(2019) 7.864(↑)，影響因子4連漲;環境科學與生態學 ? ?1區，半月刊，年文章數1500篇左右。
EST：廣東生態所孫蔚旻團隊發表尾礦微生態調查兩部曲
EST：李芳柏團隊揭示微生物介導的砷氧化耦合硝酸還原
國際環境 ?Environment International
https://www.journals.elsevier.com/environment-international
https://www.sciencedirect.com/journal/environment-international/
期刊簡介： IF(2019) 7.577(↓)，影響因子結束3連漲。朱永官院士為本雜志主編之一，環境科學1區，月刊，近3年文章數分別為262/572/864篇，文章成年倍增，要小心影響因子跳水。近3年中國發文618篇，排名第2，與第一名美國相近。
EI：南土所褚海燕組發現農業土壤微生物核心菌群能夠提升土壤生態功能
清潔生產 Journal of Cleaner Production
期刊主頁：https://www.sciencedirect.com/journal/journal-of-cleaner-production
期刊簡介： IF(2019) 7.246(↑1); 綠色可持續 、環境科學、工程環境1區，一年30期，年文章數量逐漸上漲，近4年分別為2006、2753、3801和4059篇。雖然IF也是持續上漲，但隨著發文量的上漲放緩，明年的IF可能會有趨于穩定。近3年中國發文3,938篇，排名第1，占本雜志文章近一半的比重，真是對國人太友好啦。
點評：筆者19年初合作在上面發表過一篇，狀態還是相當不錯，一年多時間即被引用21次。
JCP：曝氣生物濾池處理焦化廢水過程中N2O和NO的產生機理與群落功能研究*
環境污染 Environmental Pollution
https://www.journals.elsevier.com/environmental-pollution/
期刊簡介： IF(2019) 6.792(↑1)，影響因子2連漲。環境科學1區，月刊，近3年文章數分別為1084/1480/1615篇，文章量快速增，要小心影響因子跳水。近3年中國發文2184篇，排名第1，占本雜志文章近一半的比重，真是對國人太友好啦。
EP：廣東省生態環境技術研究所孫蔚旻團隊: 梯田土壤微生物對不同酸性礦山廢水侵蝕作用的響應機制*
環境微生物 Environmental Microbiology
https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/journal/14622920
期刊簡介：IF(2019): 4.933(↓↑); 微生物學1區，月刊；年文章數378/365/308/324篇，整理較穩定。
經典老牌雜志，但影響因子大多數雜志是普漲的前提下，居然近5年形成下降趨勢，今年又落回5分以內，很多博士又無法達到畢業要求了。近3年中國發文207篇，排名第2，感覺對國人也比較友好。
EM：不同氣候條件下土壤稀有與豐富微生物類群的分化策略
醫學頂級期刊
醫學領域四大神刊是每個醫生或學生的夢想。其按照影響因子出場如下：
New England Journal of Medicine (NEJM, 74.699↑, 新英格蘭醫學雜志)
Lancet (Lancet, 60.392↑, 柳葉刀)
Journal of the American Medical Association (JAMA, 45.540↓, 美國醫學會雜志)
British Medical Journal (BMJ, 30.223↑, 英國醫學會雜志)
這四個雜志發表了很多微生物的文章，但目前與我的研究方向關系不大，很少讀，希望將來有合適的課題，優勢互補，開拓一下這些神刊。
NEJM | 益生菌LGG治療腸胃炎無效，Immunity|LGG促進生骨
腸道 Gut
期刊簡介：IF(2019): 19.819(↑2)，只差一點點就過20大關了，明年應該有很大希望; GASTROENTEROLOGY & HEPATOLOGY 胃腸肝病學 1區，醫學1區，月刊；年文章量近200篇。近幾年腸道菌群大熱，Gut上也表達了大量菌群研究的工作，每期必備Gut Microbiota欄目，也推動了本雜志影響因子6連漲，從10分達到今年19。
下文是中科院北京生科院趙方慶團隊王金峰的作品，由一作導讀的兩篇文章。
一作解讀Gut：人體最初的微生物起源與生殖健康
Gut：人體口腔菌群的穩定性和動態變化規律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”
本雜志相關文章的解讀
Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多紅肉對身體真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
Gut菌群標志物有望診斷早期肝癌 PPT和視頻講解
Gut-口腔微生物可以預測直腸癌
國內雜志推薦
目前國內SCI雜志數量超過200種，有很多高水平的雜志值得關注，而且這些雜志也非常關注微生物組領域的研究，有好成果發表在國內好雜志，不是更好的選擇嗎？
細胞研究 Cell Research
https://www.nature.com/cr/
期刊簡介：IF(2019): 20.160(↑3); 細胞生物學 (一區)；近3年文章數量76/68/61篇。一直是中國雜志IF的一哥，從15年前1分一路漲到現在的20多分，中國辦刊的榜樣。
我們報導過其中3篇：
Cell Research封面 | 劉志華組揭示腸道菌群可促進胰島素的分泌
CR：潘濤/駱觀正合作團隊揭示腸道菌群調控宿主RNA甲基化和基因表達新機制
Cell Research：華農解析水虻基因組圖譜和腸道微生物組降解規律
真菌多樣性 Fungal Diversity
https://www.springer.com/journal/13225
期刊簡介：IF(2019): 15.386(→); 真菌學一區；近3年文章數量21/23/20篇。緊次于CR，昆明植物所辦刊，4年從6分升為15分，今年又能保持，真是可喜可賀。年發文量太少是唯一的缺點，限制了期影響力的進一步發展，但真菌的領域有員有限，文章多了更難保持影響因子。
Fungal Diversity：70位作者共同修訂真菌界擔子菌門分類系統
蛋白與細胞 Protein & Cell
http://www.protein-cell.org/
期刊簡介：IF(2019): 10.164(↑)。中科院北京生科院所和生物物理所主辦的雜志，饒子和院士任主編，近4年從3.8分穩步增長，今年影響因子破10，值得同行關注。2018年組織了微生物組專刊，今年再次組稿微生物組專刊2.0，我也有幸受邀撰寫了一篇綜述，過兩天將在宏基因組公眾號和大家分享中文翻譯版。
PC：解析宿主基因組和微生物的復雜互作
PC: 對菌群影響藥效和毒性的全面總結*
分子植物 Molecular Plant
https://www.cell.com/molecular-plant
期刊簡介：IF(2019): 12.084(↑2)。中科院上海植生所主辦的雜志，近10年從2分穩步增長，今年影響因子破12，值得同行關注。也非常關注植物微生物組領域，和病原菌等領域。
MP綜述：植物-微生物互作的系統生物學
MP：微生物跨界平衡維持植物健康
MP：中科院微生物所郭惠珊組和中科院上海植物逆境中心段成國組合作揭示油菜生長與免疫動態調節的新機制
Plant Com：絕對定量檢測宿主微生物組的HA-QAP技術簡介* 全文解讀
科學通報 Science Bulletin
http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SB
https://link.springer.com/journal/11434
期刊簡介：IF(2019): 9.511(↑3)。中科院主辦的雜志，首次獲影響因子即破4，3年跨越式發展破9，明年必破10。交叉學科綜合類，近3年發文量為166/165/172，絕大多數為國內發文，潛力極大，也關注微生物組，同行值得同行關注。
Science Bulletin：上海植生所王二濤組發表基于絕對定量豐度的植物根際微生物群落“擴增-選擇”組裝模型*
張和平：益生菌、腸道菌群與健康 |《科學通報》專輯
基因組蛋白質組與生物信息學報 Genomics Proteomics & Bioinfomatics
https://www.sciencedirect.com/journal/genomics-proteomics-and-bioinformatics
期刊簡介：IF(2019): 7.051(↑1)。中科院基因組所主辦的雜志，前年首次獲影響因子即破6，去年基本持平，今年繼續發力破7。文章偏生信、基因組和蛋白組，非常關注宏基因組。大家親切的稱它為基因組所刊，近期還成立了中國的大數據中心GSA，無論是投稿，還是數據共享，都值得同行關注。
小編在4年前投過此雜志，審稿和后期處理速度很快，從投到接收不到一個月，其工作效率可見其前途無量。
GPB：農業生產活動對水體微生態的重要影響
GPB：菊粉改善糖脂代謝紊亂作用的機制
大科學 GigaScience
https://academic.oup.com/gigascience
期刊簡介：IF(2019): 5.993(↑1); 交叉學科1區；年文章數47/139/133/157篇左右。大家親切的稱它為華大學報，關注大數據還是有錢途的。
此雜志從前年的7.2直接跳水為4.6，還是挺嚇人的，今年回升為5.9符合預期。原因主要有兩點，1. 之前發表了Plink2軟件引用占總引用的40%，但進入第3年不計入影響因子計算；2. 雜志這兩年發文章直接提高了3倍也需要適應。以目前的體量，上升較難。此雜志還有一個特點是國內辦刊，但發行國不是中國，而且國刊占比不是最高，投稿最多的是美國。
我們報導過其中兩篇，分別為數據分析框架和MWAS分析的工作，如下：
GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物組分析框架
GigaScience:植物MWAS研究—谷子產量與微生物組關聯分析
此外，具我所知，中國農業大學的周欣教授，新加坡基因組研究所的李陳浩博士也都在此雜志上發表過多篇高水平文章，值得關注。
遺傳學報 Journal of Genetics and Genomics
http://www.jgenetgenomics.org/
https://www.journals.elsevier.com/journal-of-genetics-and-genomics/
期刊簡介：IF(2019): 5.065(↑)。月刊，年文章量50篇左右。中科院遺傳發育所、中國遺傳學會主辦的雜志，主編左建儒，影響因子近10年穩步增長，從0.3起步，今年成功破5，值得同行關注。
還在為投文章發愁嗎，也許你更適合審別人的文章——JGG期刊專職編輯招聘（IF>4）
中國科學生命科學 Science China-Life Sciences
http://life.scichina.com
https://www.springer.com/journal/11427
期刊簡介：IF(2019): 4.611(↑)。月刊，近3年發文127/135/125篇。中國科學生命科學，由中科院主辦，李家洋院士任主編，今年影響因子4.6，連續7年走高且實現3倍增長，預計明年將破5。審稿速度快，上圖左1我負責分析的文章封面文章從投稿到接受只有7天，可見編輯部的工作效率，將來必有更大發展。但受總發稿量較大，題材廣泛，很難有最快速發展。
目前已經開始關注本領域的研究，小編在此雜志發表過2篇文章，如前年6月的封面文章即為水稻微生物組相關工作，去年也發了一篇擬南芥微生物組的工作，是投資的潛力股，將來有機會破10的雜志，成為中國的PNAS，值得同行關注：
SCLS: 中國科學7月微生物組專刊：趙立平、秦楠、東秀珠領銜
SCLS：水稻微生物組時間序列分析*
SCLS：擬南芥二半萜類化合物調控根系微生物組*
中國科學：植物免疫研究與抗病蟲綠色防控：進展、機遇與挑戰
小知識：影響因子
影響因子的計算
ISI每年出版JCR期刊引用報告 (Journal Citation Reports)評估期刊的影響力。
JCR對12500多種期刊(網絡版) 之間的引用和被引用數據進行統計、運算，并針對每種期刊定義了影響因子 (IF: impact factor)等指數加以報道。
影響因子計算如下：IF = (某刊前2年發表論文在該年的被引用次數) / (該刊前2年發表Article+Review論文總數)
提高引響因子的十條建議
根據上面的計算公式，我們發現可以通過增大分子(引用次數)、減小分母(論文總數)來快速提高影響因子。
具體的作法有哪些呢？
編輯的眼光：傾向選擇將來2年內容易獲得較高引用的研究方向和內容；
出版平臺：同樣的文章在Nature大平臺曝光會比在bioRxiv上引用高5倍，目前國內雜志也多與Nautre、Cell、Springer等平臺合作，借船出海，是當前比較好的選擇；
社交平臺：宣傳很重要，成果由編輯部、作者共同經tweet、朋友圈和公眾號介紹給同行；文章和雜志同行沒聽過，如何引用你！推薦雜志社要辦自己的自媒體，如公眾號，更要多與一些同行大號合作，如BioArt、植物科學最前沿、熱心腸先生等合作。當然我們的“宏基因組”在本領域也是有一定影響力的，超9萬多同行關注，歡迎同行雜志合作。現在Plant Cell接收的文章就要求必須提交中/英文的新聞稿件啦！
開放獲取：沒名氣還收費，誰還愿把好文章投你。Protein cell堅持免費+OA的模式絕對良心雜志；
約稿大牛：這需要關系，發動編輯、主管領導、及二級人脈，無論什么手段，拿到高質量的稿件是最實在的東西；約大牛當guest editor：辦熱門領域專刊，只賺不賠；但一般雜志不好時，很難有人愿意投，除非是關系或院士貢獻(院士發文章就不重要了，不需要別人評價他)；
發表時間：通常年初發表的的文章，在JCR統計中更容易積累更多引用，雜志社傾向將高引文章年初發表，低引年末發表；
口味的傾向：現在生物學交叉學科眾多，如生信、軟件、方法和宏基因組等熱門方向，都是生物雜志應優先考慮的；
綜述：綜述通常是比研究更容易引用的，一般引用率是研究型文章的2倍以上，保證一定比例的大牛綜述很重要；
可視化和分析軟件及流程：研究被引用頻率不會太多，但通用的分析、可視化是很多人需要求，好的生物軟件、在線server、分析流程絕對受同行歡迎，NAR的很多引用都來自其web server專刊；
減小分母：注意，有些文章是可以被引用，但并不計入影響因子計算的論文總數，如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等類型(其特點是沒有摘要或參考文獻的文章)不會作為Article或Review作為可引用文獻被JCR統計，但它們的引用是統計入分子的。將潛在低引文章轉換類型，增加這些類型文章的比例，增加存在感，減少文章作為分母。
雜志影響因子列表
僅列出了本領域我們熟悉的4分以上雜志列表，按影響因子排序。
注：文本版方便復制、檢索。
| 2 | NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE | 74.699 |
| 5 | LANCET | 60.392 |
| 12 | JAMA | 45.54 |
| 15 | NATURE | 42.778 |
| 16 | SCIENCE | 41.845 |
| 21 | CELL | 38.637 |
| 22 | NATURE BIOTECHNOLOGY | 36.558 |
| 23 | NATURE MEDICINE | 36.13 |
| 26 | NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY | 34.209 |
| 35 | NATURE METHODS | 30.822 |
| 38 | BMJ-British Medical Journal | 30.223 |
| 44 | NATURE GENETICS | 27.603 |
| 64 | CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS | 22.556 |
| 71 | Nature Climate Change | 20.893 |
| 78 | CELL RESEARCH | 20.507 |
| 85 | GUT | 19.819 |
| 112 | National Science Review | 16.693 |
| 120 | Science Translational Medicine | 16.304 |
| 128 | Cell Host & Microbe | 15.923 |
| 129 | Advanced Science | 15.840 |
| 132 | Nature Microbiology | 15.54 |
| 133 | FUNGAL DIVERSITY | 15.386 |
| 164 | FEMS MICROBIOLOGY REVIEWS | 13.920 |
| 174 | Nature Geoscience | 13.566 |
| 175 | TRENDS IN MICROBIOLOGY | 13.546 |
| 184 | Nature Plants | 13.256 |
| 185 | Science Advances | 13.116 |
| 198 | Annual Review of Neuroscience | 12.547 |
| 199 | Nature Ecology & Evolution | 12.541 |
| 209 | Nature Communications | 12.121 |
| 212 | Molecular Plant | 12.084 |
| 224 | Microbiome | 11.607 |
| 244 | GENOME RESEARCH | 11.093 |
| 252 | Annual Review of Microbiology | 11.000 |
| 256 | GENOME BIOLOGY | 10.806 |
| 272 | Nature Protocols | 10.419 |
| 282 | Protein & Cell | 10.164 |
| 304 | PLANT CELL | 9.618 |
| 316 | Science Bulletin | 9.511 |
| 318 | PNAS | 9.412 |
| 333 | ISME Journal | 9.180 |
| 334 | WATER RESEARCH | 9.130 |
| 368 | Cell Systems | 8.673 |
| 371 | Journal of Crohns & Colitis | 8.658 |
| 379 | NEW PHYTOLOGIST | 8.512 |
| 393 | CLINICAL INFECTIOUS DISEASES | 8.313 |
| 412 | CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY | 8.134 |
| 414 | Cell Reports | 8.109 |
| 439 | Gut Microbes | 7.740 |
| 486 | CRITICAL REVIEWS IN MICROBIOLOGY | 7.349 |
| 519 | CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION | 7.117 |
| 534 | npj Biofilms and Microbiomes | 7.067 |
| 539 | GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS | 7.051 |
| 575 | mBio | 6.784 |
| 656 | Cell Discovery | 6.255 |
| 660 | PLoS Pathogens | 6.218 |
| 718 | GigaScience | 5.993 |
| 987 | Journal of Genetics and Genomics | 5.065 |
| 1048 | ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY | 4.933 |
| 1216 | Science China-Life Sciences | 4.611 |
| 1439 | Frontiers in Microbiology | 4.235 |
| 1491 | Communications Biology | 4.165 |
| 1608 | APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY | 4.016 |
后臺回復影響因子 或 IF，獲得2019最新完整版影響因子、微生物、生物技術與應用微生物、環境領域雜志列表、精選本領域雜志影響因子等詳細信息。
Reference
JCR https://jcr.clarivate.com/
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的宏基因组/微生物组杂志简介及2020最新影响因子的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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